Este é o aplicativo Linux chamado GapFiller cuja versão mais recente pode ser baixada como GapFiller-1.1.1.zip. Ele pode ser executado online no provedor de hospedagem gratuito OnWorks para estações de trabalho.
Baixe e execute online este aplicativo chamado GapFiller com OnWorks gratuitamente.
Siga estas instruções para executar este aplicativo:
- 1. Baixe este aplicativo em seu PC.
- 2. Entre em nosso gerenciador de arquivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX com o nome de usuário que você deseja.
- 3. Carregue este aplicativo em tal gerenciador de arquivos.
- 4. Inicie o emulador OnWorks Linux online ou Windows online ou emulador MACOS online a partir deste site.
- 5. No sistema operacional OnWorks Linux que você acabou de iniciar, acesse nosso gerenciador de arquivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX com o nome de usuário que deseja.
- 6. Baixe o aplicativo, instale-o e execute-o.
Enchimento
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DESCRIÇÃO
GapFiller é um assembler local de seed-and-extend para preencher a lacuna nas leituras emparelhadas.
Ele pode ser usado para DNA e RNA e foi testado em dados da Illumina.
O GapFiller pode ser usado sempre que uma sequência deve ser montada a partir de leituras em suas extremidades, desde uma estimativa vaga do comprimento da sequência.
Recursos
- Formato de entrada compatível: FASTQ (.gz, .bz2), FASTA (.gz, .bz2), SAM, BAM
- Parâmetros de montagem altamente personalizáveis
- Possibilidade de especificar conjuntos de dados diferentes para propagação e montagem
- Possibilidade de armazenar informações de layout (ler a posição e orientação nos contigs montados)
Interface com o usuário
Linha de comando
Linguagem de Programação
C + +
Categorias
Este é um aplicativo que também pode ser obtido em https://sourceforge.net/projects/gapfiller/. Ele foi hospedado no OnWorks para ser executado online da maneira mais fácil a partir de um de nossos Sistemas Operativos gratuitos.
