Este é o aplicativo Linux denominado ISVASE, cuja versão mais recente pode ser baixada como ISVASE1.1.tar.gz. Ele pode ser executado online no provedor de hospedagem gratuita OnWorks para estações de trabalho.
Baixe e execute online este aplicativo chamado ISVASE with OnWorks gratuitamente.
Siga estas instruções para executar este aplicativo:
- 1. Baixe este aplicativo em seu PC.
- 2. Entre em nosso gerenciador de arquivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX com o nome de usuário que você deseja.
- 3. Carregue este aplicativo em tal gerenciador de arquivos.
- 4. Inicie o emulador OnWorks Linux online ou Windows online ou emulador MACOS online a partir deste site.
- 5. No sistema operacional OnWorks Linux que você acabou de iniciar, acesse nosso gerenciador de arquivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX com o nome de usuário que deseja.
- 6. Baixe o aplicativo, instale-o e execute-o.
SCREENSHOTS
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ISVASE
DESCRIÇÃO
Para gerar mRNAs maduros corretos, os exons devem ser identificados e unidos com precisão e eficiência pelo mecanismo de splicing de RNA. Deve-se notar que cerca de um terço ou metade de todas as mutações causadoras de doenças afetam o splicing de RNA. No entanto, há poucas ferramentas de bioinformática para identificar diretamente variantes de sequência associadas a eventos de splicing (SVASE) com base em dados de RNA-seq. Desenvolvemos o ISVASE, uma ferramenta simples e conveniente para identificar o SVASE diretamente usando dados de RNA-seq. Comparando com o software PVAAS existente, nosso método tem várias vantagens, como filtros dependentes de regras rigorosos e filtros estatísticos em cada etapa, variantes de sequência de detecção para eventos de splicing conhecidos, variantes de sequência de identificação em duas partes de splicing (junção) separadamente, mudança de junção de detecção eventos se fornecendo anotação de splicing conhecida, avaliando o sinal de splicing, comparando com mutação de DNA conhecida e / ou dados de edição de RNA e tempo de execução curto.
Funcionalidades
- É a primeira ferramenta a identificar a variante de sequência associada ao evento de splicing para novas variantes de splicing e variantes de splicing conhecidas.
- ISVASE identifica as variantes de sequência para cada variante de splicing primeiro e, em seguida, identifica as variantes de sequência para todas as variantes de splicing relacionadas (mesmo início ou fim de junção) para análise de comparação e teste estatístico.
- O ISVASE identifica e julga as variantes da sequência para ambas as partes da junção separadamente, o que pode distinguir ainda mais o efeito das variantes da sequência para as diferentes partes da junção.
- ISVASE aplica vários filtros dependentes de regras estritos e filtros estatísticos em diferentes etapas.
- O ISVASE considera os eventos de mudança de junção e sinais de junção (5 'ss e 3' ss) para remover as variantes de emenda falsa.
- ISVASE pode usar mutação de DNA fornecida pelo usuário e dados de edição de RNA para designar o tipo de fonte de variantes de sequência.
- ISVASE obtém sequência de flanqueamento de variantes de sequência para pesquisa de motivo de intensificador de splicing exônico.
- ISVASE pode converter o arquivo de variante de sequência padrão em arquivo de formato de entrada ANNOVAR para anotação de variante.
- O ISVASE usa 8 figuras para mostrar as características das variantes de sequência associadas aos eventos de splicing.
Público
Ciência / Pesquisa
Linguagem de Programação
Perl
Categorias
Este é um aplicativo que também pode ser obtido em https://sourceforge.net/projects/isvase/. Ele foi hospedado no OnWorks para ser executado online da maneira mais fácil a partir de um de nossos Sistemas Operativos gratuitos.
