Este é o aplicativo Linux chamado MCPerm: Monte Carlo SNP permutation cuja última versão pode ser baixada como MCPerm_1.1.2.tar.gz. Ele pode ser executado online no provedor de hospedagem gratuito OnWorks para estações de trabalho.
Baixe e execute online este aplicativo chamado MCPerm: permutação Monte Carlo SNP com OnWorks gratuitamente.
Siga estas instruções para executar este aplicativo:
- 1. Baixe este aplicativo em seu PC.
- 2. Entre em nosso gerenciador de arquivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX com o nome de usuário que você deseja.
- 3. Carregue este aplicativo em tal gerenciador de arquivos.
- 4. Inicie o emulador OnWorks Linux online ou Windows online ou emulador MACOS online a partir deste site.
- 5. No sistema operacional OnWorks Linux que você acabou de iniciar, acesse nosso gerenciador de arquivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX com o nome de usuário que deseja.
- 6. Baixe o aplicativo, instale-o e execute-o.
MCPerm: permutação Monte Carlo SNP
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DESCRIÇÃO
MCPerm: Um método de permutação de Monte Carlo para correlação de teste múltiplo em estudo de associação caso-controle
O teste de permutação tradicional (TradPerm) é um método de análise não paramétrica importante que pode ser tratado como o padrão ouro para várias correções de teste em estudo de associação de caso-controle. No entanto, ele se baseia nos dados de genótipos e fenótipos de polimorfismo de nucleotídeo único (SNP) original para realizar um grande número de embaralhamentos aleatórios e, portanto, é computacionalmente intensivo, especialmente para estudo de associação de todo o genoma (GWAS). Para melhorar a velocidade de cálculo sem alterar o tamanho do valor p do TradPerm, desenvolvemos um método de permutação de Monte Carlo (MCPerm) como uma alternativa eficiente ao TradPerm.
Métodos: MCPerm não precisa embaralhar os dados de genótipos e fenótipos originais. Ele usa o método de Monte Carlo, emprega distribuição hipergeométrica em duas etapas para gerar o número aleatório de genótipos (AA, Aa e aa) em casos e controles.
Linguagem de Programação
B / R
Categorias
Este é um aplicativo que também pode ser obtido em https://sourceforge.net/projects/mcperm/. Ele foi hospedado no OnWorks para ser executado online da maneira mais fácil a partir de um de nossos Sistemas Operativos gratuitos.
