Este é o aplicativo Linux chamado Meraculous-2D cuja última versão pode ser baixada como Meraculous-v2.2.6.tar.gz. Ele pode ser executado online no provedor de hospedagem gratuito OnWorks para estações de trabalho.
Baixe e execute online este aplicativo chamado Meraculous-2D com OnWorks gratuitamente.
Siga estas instruções para executar este aplicativo:
- 1. Baixe este aplicativo em seu PC.
- 2. Entre em nosso gerenciador de arquivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX com o nome de usuário que você deseja.
- 3. Carregue este aplicativo em tal gerenciador de arquivos.
- 4. Inicie o emulador OnWorks Linux online ou Windows online ou emulador MACOS online a partir deste site.
- 5. No sistema operacional OnWorks Linux que você acabou de iniciar, acesse nosso gerenciador de arquivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX com o nome de usuário que deseja.
- 6. Baixe o aplicativo, instale-o e execute-o.
SCREENSHOTS
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Meraculoso-2D
DESCRIÇÃO
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IMPORTANTE: O Meraculous-2D foi substituído pelo montador HipMer, disponível aqui: https://sourceforge.net/projects/hipmer/
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Meraculous-2D é um montador de genoma completo para leituras NGS (Illumina) que é capaz de montar genomas diplóides grandes com requisitos computacionais modestos. Características incluem:
- Contagem eficiente de k-mer e travessia do gráfico deBruijn
- Dois modos de tratamento da variação alélica diplóide
- Andaime aprimorado que produz montagens mais completas sem comprometer a precisão do andaime.
A montagem é conduzida por um pipeline perl que realiza fragmentação de dados e balanceamento de carga, bem como envio e monitoramento de matrizes de tarefas múltiplas em um cluster do tipo GE / SLURM ou em um servidor multi-core autônomo.
Manuscritos em apresentação:
https://arxiv.org/abs/1703.09852
https://arxiv.org/abs/1608
Recursos
- Conjunto do Genoma Eucariótico
- Modos especializados para genomesembly de alta e baixa heterozigosidade
- Execução distribuída integrada
- Eficientes operações espaciais k-mer
- Implantação de servidor único e pronta para cluster (pronta para AWS)
Público
Ciência / Pesquisa
Interface com o usuário
Linha de comando
Linguagem de Programação
Perl, C ++
Categorias
Este é um aplicativo que também pode ser obtido em https://sourceforge.net/projects/meraculous20/. Ele foi hospedado no OnWorks para ser executado online da maneira mais fácil a partir de um de nossos Sistemas Operativos gratuitos.
