Este é o aplicativo Linux denominado MSL para rodar em Linux online, cuja versão mais recente pode ser baixada como mslib-1.1.0.9.tgz. Ele pode ser executado online no provedor de hospedagem gratuita OnWorks para estações de trabalho.
Baixe e execute online este aplicativo chamado MSL para rodar em Linux online com OnWorks gratuitamente.
Siga estas instruções para executar este aplicativo:
- 1. Baixe este aplicativo em seu PC.
- 2. Entre em nosso gerenciador de arquivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX com o nome de usuário que você deseja.
- 3. Carregue este aplicativo em tal gerenciador de arquivos.
- 4. Inicie o emulador OnWorks Linux online ou Windows online ou emulador MACOS online a partir deste site.
- 5. No sistema operacional OnWorks Linux que você acabou de iniciar, acesse nosso gerenciador de arquivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX com o nome de usuário que deseja.
- 6. Baixe o aplicativo, instale-o e execute-o.
MSL para rodar em Linux online
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DESCRIÇÃO
MSL é uma biblioteca C ++ que permite o estudo computacional de macromoléculas.A biblioteca MSL não é um programa (embora alguns aplicativos sejam distribuídos), mas uma ferramenta para os cientistas codificarem seus próprios métodos de modelagem molecular.
Filosofia
O objetivo principal é criar um conjunto de ferramentas que possibilitem o estudo computacional de macromoléculas com relativa facilidade em todos os níveis, desde operações simples (por exemplo, carregar um PDB e medir uma distância ou editar um diedro) até aplicações complexas (modelagem de proteínas ou Projeto).
O MSL é desenvolvido no Senes Lab da University of Wisconsin-Madison e por uma equipe de desenvolvedores / usuários de outros laboratórios de pesquisa.
Referência:
Kulp DW, Subramaniam S, Donald JE, Hannigan BT, Mueller BK, Grigoryan G, Senes A.
Informática estrutural, modelagem e design com uma Biblioteca de Software Molecular (MSL) de código aberto.
J Comput Chem. 2012 vol. 33 páginas 1645-61
Baixe o artigo em http://dx.doi.org/10.1002/jcc.22968
Recursos
- A capacidade de armazenar e alternar entre várias coordenadas de átomos, para alterações conformacionais e representação rotamérica da liberdade conformacional da cadeia lateral.
- A capacidade de construir e armazenar várias identidades de resíduos (ou seja, LEU, ILE, ALA) em uma posição e alternar entre eles.
- # O campo de força CHARMM e outras funções de energia.
- Transformações como translações, rotações e alinhamentos.
- Algoritmos de pesquisa, como Monte Carlo, Eliminação de Dead End e Auto Consistent Mean Field Monte Carlo., Amostragem de backbone
- Geração de rede de cristal.
- Suporte para bibliotecas de rotamer
- Modificação e geração de backbone
- Plataformas suportadas: Linux, MacOS
Público
Ciência / Pesquisa
Linguagem de Programação
C + +
Este é um aplicativo que também pode ser obtido em https://sourceforge.net/projects/mslib/. Ele foi hospedado no OnWorks para ser executado online da maneira mais fácil a partir de um de nossos Sistemas Operativos gratuitos.
