Este é o aplicativo Linux denominado NGSEP, cuja versão mais recente pode ser baixada como NGSEPwindows_4.3.2.zip. Ele pode ser executado online no provedor de hospedagem gratuita OnWorks para estações de trabalho.
Baixe e execute online este aplicativo chamado NGSEP com OnWorks gratuitamente.
Siga estas instruções para executar este aplicativo:
- 1. Baixe este aplicativo em seu PC.
- 2. Entre em nosso gerenciador de arquivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX com o nome de usuário que você deseja.
- 3. Carregue este aplicativo em tal gerenciador de arquivos.
- 4. Inicie o emulador OnWorks Linux online ou Windows online ou emulador MACOS online a partir deste site.
- 5. No sistema operacional OnWorks Linux que você acabou de iniciar, acesse nosso gerenciador de arquivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX com o nome de usuário que deseja.
- 6. Baixe o aplicativo, instale-o e execute-o.
SCREENSHOTS
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NGSEP
DESCRIÇÃO
O NGSEP é uma estrutura integrada para análise de leituras de sequenciamento de alto rendimento de DNA curto e longo. A versão atual fornece funcionalidades para análise guiada de referência e de novo de dados de sequenciamento, incluindo montagem de genoma, mapeamento de leitura, detecção de variantes e genotipagem e análise de novo de dados gerados a partir de protocolos de representação reduzida. O NGSEP também fornece módulos para análise de bancos de dados de variação genômica (arquivos VCF), incluindo anotação funcional, filtragem, conversão de formato, comparação, agrupamento, imputação, análise de introgressão e diferentes tipos de estatísticas. Desde a versão 4, fornecemos funcionalidades para gerenciamento de genomas e transcriptomas, incluindo alinhamento de genoma e anotação de elementos transponíveis. Uma lista completa de funcionalidades está disponível em nosso wiki (https://sourceforge.net/p/ngsep/wiki/Home/).
ANTES DE BAIXAR: O botão verde direciona para o jar para uso da linha de comando. Consulte o wiki para a GUI e outras opções
Funcionalidades
- Montagem de genomas de novo
- Alinhamento de leituras brutas a um genoma de referência
- Detecção de SNPs, CNVs e variantes estruturais
- Manipulação de VCF: anotação funcional, mesclagem, filtro, comparação, conversão de formato, imputação
- Lê Demultiplexação
- Alinhamento de conjuntos de genoma anotados
- Estatísticas e filtragem de anunciações do transcriptoma no formato GFF3
Público
Indústria de saúde, ciência / pesquisa, outro público, agricultura
Interface com o usuário
Java SWT, Console / Terminal, Eclipse
Linguagem de Programação
Java
Categorias
Este é um aplicativo que também pode ser obtido em https://sourceforge.net/projects/ngsep/. Ele foi hospedado no OnWorks para ser executado online da maneira mais fácil a partir de um de nossos Sistemas Operativos gratuitos.
