Este é o aplicativo Linux chamado nichonetr cuja versão mais recente pode ser baixada como v2.0.4.zip. Ele pode ser executado online no provedor de hospedagem gratuito OnWorks para estações de trabalho.
Baixe e execute online este aplicativo chamado nichonetr com OnWorks gratuitamente.
Siga estas instruções para executar este aplicativo:
- 1. Baixe este aplicativo em seu PC.
- 2. Entre em nosso gerenciador de arquivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX com o nome de usuário que você deseja.
- 3. Carregue este aplicativo em tal gerenciador de arquivos.
- 4. Inicie o emulador OnWorks Linux online ou Windows online ou emulador MACOS online a partir deste site.
- 5. No sistema operacional OnWorks Linux que você acabou de iniciar, acesse nosso gerenciador de arquivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX com o nome de usuário que deseja.
- 6. Baixe o aplicativo, instale-o e execute-o.
SCREENSHOTS
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nichonetr
DESCRIÇÃO
nichonetr: a implementação R do método NicheNet. O objetivo da NicheNet é estudar a comunicação intercelular de uma perspectiva computacional. NicheNet usa dados de expressão de genes humanos ou de camundongos de células interativas como entrada e combina isso com um modelo anterior que integra o conhecimento existente sobre os caminhos de sinalização do ligante ao alvo. Isso permite prever as interações ligante-receptor que podem levar a mudanças na expressão gênica nas células de interesse. Este modelo de informações prévias sobre potenciais ligações ligante-alvo pode então ser usado para inferir ligações ligantes-alvo ativas entre células que interagem. O NicheNet prioriza os ligantes de acordo com sua atividade (ou seja, quão bem eles preveem mudanças observadas na expressão gênica na célula receptora) e procura por alvos afetados com alto potencial para serem regulados por esses ligantes priorizados.
Recursos
- NicheNet difere fortemente da maioria das abordagens computacionais atuais para estudar a comunicação intercelular
- Avalie quão bem os ligantes expressos por uma célula remetente podem prever mudanças na expressão gênica na célula receptora, priorizando os ligantes com base em seu efeito na expressão gênica
- Inferir ligações ligando-alvo putativas ativas no sistema em estudo
- Valide o modelo ligante-alvo anterior
- Construção de modelos de ligante-alvo anteriores definidos pelo usuário
- Fornecemos instruções sobre como fazer visualizações intuitivas das principais previsões
Linguagem de Programação
R
Categorias
Este é um aplicativo que também pode ser obtido em https://sourceforge.net/projects/nichenetr.mirror/. Ele foi hospedado em OnWorks para ser executado online da maneira mais fácil a partir de um de nossos Sistemas Operativos gratuitos.
