Este é o aplicativo Linux chamado PhyloTrack para rodar em Linux online, cuja versão mais recente pode ser baixada como PhyTB.v2.1.zip. Ele pode ser executado online no provedor de hospedagem gratuita OnWorks para estações de trabalho.
Baixe e execute online este aplicativo chamado PhyloTrack para rodar em Linux online com OnWorks gratuitamente.
Siga estas instruções para executar este aplicativo:
- 1. Baixe este aplicativo em seu PC.
- 2. Entre em nosso gerenciador de arquivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX com o nome de usuário que você deseja.
- 3. Carregue este aplicativo em tal gerenciador de arquivos.
- 4. Inicie o emulador OnWorks Linux online ou Windows online ou emulador MACOS online a partir deste site.
- 5. No sistema operacional OnWorks Linux que você acabou de iniciar, acesse nosso gerenciador de arquivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX com o nome de usuário que deseja.
- 6. Baixe o aplicativo, instale-o e execute-o.
SCREENSHOTS
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PhyloTrack para rodar em Linux online
DESCRIÇÃO
PhyloTrack é uma ferramenta de software baseada em JavaScript que integra a biblioteca D3.js para visualização de dados com a ferramenta JBrowse para representação do navegador do genoma. Requer uma árvore filogenética do formato de dados Newick comum como entrada, bem como três arquivos de metadados para amostras, nós de definição de clade e definições de cores de clade - todos em formato delimitado por tabulação. A funcionalidade dentro do PhyloTrack mostra os marcadores informativos em cada nó na árvore filogenética, destacando, portanto, o polimorfismo que define o clado. Esta funcionalidade foi implementada usando a ferramenta tabix no lado do servidor, fornecendo acesso simples e rápido às informações em cada nó da árvore, incluindo SNPs informativos armazenados em arquivos semelhantes a VCF. Essas variantes informativas foram estabelecidas comparando frequências de alelos entre tipos de cepas usando comparações de nódulos ancestrais e medidas FST de diferenciação populacional.Recursos
- Representação de filogenia de amostras
- Navegador genoma
- Distribuição de mapa de alelos e espoligótipos
- Análise de amostra e posicionamento na árvore
Público
Ciência / Pesquisa
Linguagem de Programação
Python, Perl, PHP, JavaScript
Ambiente de Banco de Dados
Outro DBMS baseado em arquivo
Este é um aplicativo que também pode ser obtido em https://sourceforge.net/projects/phylotrack/. Ele foi hospedado no OnWorks para ser executado online da maneira mais fácil a partir de um de nossos Sistemas Operativos gratuitos.
