Este é o aplicativo Linux chamado Protein Contact Matrix Generator cuja última versão pode ser baixada como PCMGen1.0_executable.jar. Ele pode ser executado online no provedor de hospedagem gratuito OnWorks para estações de trabalho.
Baixe e execute online este aplicativo chamado Protein Contact Matrix Generator com OnWorks gratuitamente.
Siga estas instruções para executar este aplicativo:
- 1. Baixe este aplicativo em seu PC.
- 2. Entre em nosso gerenciador de arquivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX com o nome de usuário que você deseja.
- 3. Carregue este aplicativo em tal gerenciador de arquivos.
- 4. Inicie o emulador OnWorks Linux online ou Windows online ou emulador MACOS online a partir deste site.
- 5. No sistema operacional OnWorks Linux que você acabou de iniciar, acesse nosso gerenciador de arquivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX com o nome de usuário que deseja.
- 6. Baixe o aplicativo, instale-o e execute-o.
SCREENSHOTS
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Gerador de Matriz de Contato de Proteína
DESCRIÇÃO
Uma matriz de contato de proteína é uma representação 2D das distâncias entre os resíduos de aminoácidos em uma estrutura de proteína 3D. O Protein Contact Map Generator (PCMGen) é uma ferramenta de linha de comando que recebe estruturas 3D de proteínas (arquivos de formato PDB) como entrada e calcula as distâncias de contato entre duas cadeias (de uma ou duas proteínas diferentes). Esses arquivos de matriz podem ser visualizados como Mapas de Contato usando outras ferramentas/programas de visualização (como R-heatmaps).
Mapas de contato podem ser usados para entender as proteínas:
1. Estruturas secundárias
2. Arranjos conformacionais
3. Interações de superfície
Recursos
- Informática Estrutural
- Mapa de Contato de Proteínas
- Aplicativo CLI baseado em Java
Público
Usuários finais / desktop
Interface com o usuário
Linha de comando
Linguagem de Programação
Java
Categorias
Este é um aplicativo que também pode ser obtido em https://sourceforge.net/projects/proteincontactmap/. Ele foi hospedado no OnWorks para ser executado on-line da maneira mais fácil a partir de um de nossos sistemas operacionais gratuitos.
