Este é o aplicativo Linux chamado trj_cavity cuja versão mais recente pode ser baixada como trj_cavity_v2.1.tar.gz. Ele pode ser executado online no provedor de hospedagem gratuito OnWorks para estações de trabalho.
Baixe e execute online este aplicativo chamado trj_cavity com OnWorks gratuitamente.
Siga estas instruções para executar este aplicativo:
- 1. Baixe este aplicativo em seu PC.
- 2. Entre em nosso gerenciador de arquivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX com o nome de usuário que você deseja.
- 3. Carregue este aplicativo em tal gerenciador de arquivos.
- 4. Inicie o emulador OnWorks Linux online ou Windows online ou emulador MACOS online a partir deste site.
- 5. No sistema operacional OnWorks Linux que você acabou de iniciar, acesse nosso gerenciador de arquivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX com o nome de usuário que deseja.
- 6. Baixe o aplicativo, instale-o e execute-o.
SCREENSHOTS
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trj_cavity
DESCRIÇÃO
trj_cavity encontra cavidades de proteínas ao longo das trajetórias de simulação de Dinâmica Molecular (MD). O programa trabalha com arquivos no formato PDB, mas também pode ler / gerar formatos compatíveis com GROMACS, como XTC.
O mesmo projeto pode ser compilado como uma ferramenta GROMACS ou como uma versão autônoma. As instruções de instalação são fornecidas no arquivo INSTALL do projeto e em https://sourceforge.net/p/trjcavity/wiki/Home/#ffad
Se precisar de suporte para usar esta ferramenta (ou relatar bugs), poste no fórum de discussão.
Observações: v2 é executado em paralelo e oferece suporte à série GROMACS v5.1 +. Se você quiser continuar usando o GROMACS v4.x, use trj_cavity_v1.1.
Recursos
- Encontra cavidades de proteínas em trajetórias de simulação de MD.
- Produz trajetórias de cavidades protéicas em relação ao tempo.
- Fornece estatísticas da distribuição da cavidade da proteína.
- Calcula o descritor do volume da cavidade.
- Perfil normal do raio do túnel dos poros do eixo.
Linguagem de Programação
C + +
Categorias
Este é um aplicativo que também pode ser obtido em https://sourceforge.net/projects/trjcavity/. Ele foi hospedado no OnWorks para ser executado online da maneira mais fácil a partir de um de nossos Sistemas Operativos gratuitos.
