Este é o aplicativo do Windows denominado codonPhyML para ser executado no Windows online sobre o Linux online, cuja versão mais recente pode ser baixada como codonPhyML_dev_1.00_201407.24.zip. Ele pode ser executado online no provedor de hospedagem gratuita OnWorks para estações de trabalho.
Baixe e execute online este aplicativo chamado codonPhyML para ser executado no Windows online no Linux online com OnWorks gratuitamente.
Siga estas instruções para executar este aplicativo:
- 1. Baixe este aplicativo em seu PC.
- 2. Entre em nosso gerenciador de arquivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX com o nome de usuário que você deseja.
- 3. Carregue este aplicativo em tal gerenciador de arquivos.
- 4. Inicie qualquer emulador on-line OS OnWorks a partir deste site, mas um emulador on-line melhor do Windows.
- 5. No sistema operacional OnWorks Windows que você acabou de iniciar, acesse nosso gerenciador de arquivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX com o nome de usuário que deseja.
- 6. Baixe o aplicativo e instale-o.
- 7. Baixe o Wine de seus repositórios de software de distribuição Linux. Depois de instalado, você pode clicar duas vezes no aplicativo para executá-lo com o Wine. Você também pode experimentar o PlayOnLinux, uma interface sofisticada do Wine que o ajudará a instalar programas e jogos populares do Windows.
Wine é uma forma de executar software Windows no Linux, mas sem a necessidade de Windows. Wine é uma camada de compatibilidade do Windows de código aberto que pode executar programas do Windows diretamente em qualquer desktop Linux. Essencialmente, o Wine está tentando reimplementar o suficiente do Windows do zero para que possa executar todos os aplicativos do Windows sem realmente precisar do Windows.
SCREENSHOTS
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codonPhyML para ser executado no Windows online sobre Linux online
DESCRIÇÃO
codonPhyML usa modelos de códon Markovianos de evolução na reconstrução da filogenia. Dado um conjunto de espécies caracterizadas por suas sequências de DNA como entrada, codonPhyML retornará a árvore filogenética que melhor descreve sua relação evolutiva. Nosso artigo que descreve codonPhyML foi publicado na revista "Molecular Biology and Evolution" (MBE). Para mais detalhes, acesse o link: http://mbe.oxfordjournals.org/content/30/6/1270. codonPhyML está na capa do MBE! Confira (agosto de 2013): http://mbe.oxfordjournals.org/content/30/8.toc.Para a versão multimodelo do CodonPhyML, use o tarball 'codonphyml_multi.tgz'.
Recursos
- Modelos de códon de evolução de Markovian: Goldman & Yang 1994, Muse & Gaut 1994, Kosiol et al 2007, Schneider et al 2005, Yap et al 2010
- Heurística de pesquisa de topologia de árvore NNI e SPR
- parâmetros de taxa de substituição estimados por máxima verossimilhança
- suporte a vários núcleos por meio de OpenMP
- probabilidade comparável em diferentes modelos (ou seja, AA, NT e CODON)
Público
Ciência / Pesquisa, Educação
Interface com o usuário
Console / Terminal, linha de comando
Linguagem de Programação
C
Este é um aplicativo que também pode ser obtido em https://sourceforge.net/projects/codonphyml/. Ele foi hospedado no OnWorks para ser executado online da maneira mais fácil a partir de um de nossos Sistemas Operativos gratuitos.