Este é o aplicativo do Windows chamado FineSplice, cuja versão mais recente pode ser baixada como FineSplice-0.2.2.tar.gz. Ele pode ser executado online no provedor de hospedagem gratuito OnWorks para estações de trabalho.
Baixe e execute online este aplicativo chamado FineSplice com OnWorks gratuitamente.
Siga estas instruções para executar este aplicativo:
- 1. Baixe este aplicativo em seu PC.
- 2. Entre em nosso gerenciador de arquivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX com o nome de usuário que você deseja.
- 3. Carregue este aplicativo em tal gerenciador de arquivos.
- 4. Inicie qualquer emulador on-line OS OnWorks a partir deste site, mas um emulador on-line melhor do Windows.
- 5. No sistema operacional OnWorks Windows que você acabou de iniciar, acesse nosso gerenciador de arquivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX com o nome de usuário que deseja.
- 6. Baixe o aplicativo e instale-o.
- 7. Baixe o Wine de seus repositórios de software de distribuição Linux. Depois de instalado, você pode clicar duas vezes no aplicativo para executá-lo com o Wine. Você também pode experimentar o PlayOnLinux, uma interface sofisticada do Wine que o ajudará a instalar programas e jogos populares do Windows.
Wine é uma forma de executar software Windows no Linux, mas sem a necessidade de Windows. Wine é uma camada de compatibilidade do Windows de código aberto que pode executar programas do Windows diretamente em qualquer desktop Linux. Essencialmente, o Wine está tentando reimplementar o suficiente do Windows do zero para que possa executar todos os aplicativos do Windows sem realmente precisar do Windows.
SCREENSHOTS
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FineSplice
DESCRIÇÃO
FineSplice é um wrapper Python para TopHat2 voltado para uma identificação confiável de junções de exon expressas de dados de RNA-Seq, com precisão de detecção aprimorada com pequena perda de sensibilidade.
Após o alinhamento com o TopHat2 usando anotações de transcrição conhecidas, o FineSplice recebe como entrada o arquivo BAM resultante e gera um conjunto confiável de junções de emenda expressas com as contagens de leitura correspondentes. Possíveis falsos positivos decorrentes de alinhamentos espúrios são filtrados por meio de uma estratégia de detecção de anomalia semi-supervisionada com base na regressão logística. Várias leituras de mapeamento com um local exclusivo após a filtragem são resgatadas e realocadas para o local candidato mais confiável.
O FineSplice requer Python 2.x (>= 2.6) com os seguintes módulos instalados: pysam (http://code.google.com/p/pysam/) e scikit-learn (http://scikit-learn.org/).
Para mais detalhes confira nossa publicação: Nucl. Ácidos Res. (2014) doi: 10.1093/nar/gku166
Funcionalidades
- Alinhe com o TopHat2 usando anotações de transcrição para desempenho de mapeamento superior
- Execute o FineSplice para se livrar de alinhamentos com folga não confiáveis e melhorar a precisão da detecção de junção de emenda
- Emite um conjunto confiável de junções exon-exon com as contagens de leitura correspondentes para análises downstream
Linguagem de Programação
Python
Categorias
Este é um aplicativo que também pode ser obtido em https://sourceforge.net/projects/finesplice/. Ele foi hospedado no OnWorks para ser executado on-line da maneira mais fácil a partir de um de nossos sistemas operacionais gratuitos.
