Este é o aplicativo do Windows chamado kSNP cuja versão mais recente pode ser baixada como kSNP4.1-source-code.zip. Ele pode ser executado online no provedor de hospedagem gratuito OnWorks para estações de trabalho.
Baixe e execute online este aplicativo chamado kSNP com OnWorks gratuitamente.
Siga estas instruções para executar este aplicativo:
- 1. Baixe este aplicativo em seu PC.
- 2. Entre em nosso gerenciador de arquivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX com o nome de usuário que você deseja.
- 3. Carregue este aplicativo em tal gerenciador de arquivos.
- 4. Inicie qualquer emulador on-line OS OnWorks a partir deste site, mas um emulador on-line melhor do Windows.
- 5. No sistema operacional OnWorks Windows que você acabou de iniciar, acesse nosso gerenciador de arquivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX com o nome de usuário que deseja.
- 6. Baixe o aplicativo e instale-o.
- 7. Baixe o Wine de seus repositórios de software de distribuição Linux. Depois de instalado, você pode clicar duas vezes no aplicativo para executá-lo com o Wine. Você também pode experimentar o PlayOnLinux, uma interface sofisticada do Wine que o ajudará a instalar programas e jogos populares do Windows.
Wine é uma forma de executar software Windows no Linux, mas sem a necessidade de Windows. Wine é uma camada de compatibilidade do Windows de código aberto que pode executar programas do Windows diretamente em qualquer desktop Linux. Essencialmente, o Wine está tentando reimplementar o suficiente do Windows do zero para que possa executar todos os aplicativos do Windows sem realmente precisar do Windows.
kSNP
Ad
DESCRIÇÃO
O kSNP4 identifica os SNPs do pan-genoma em um conjunto de sequências genômicas e estima as árvores filogenéticas com base nesses SNPs. A descoberta de SNP é baseada na análise de k-mer e não requer alinhamento múltiplo de sequência ou seleção de um genoma de referência, de modo que o kSNP4 pode receber centenas de genomas microbianos como entrada. Um locus SNP é definido por um oligo de comprimento k em torno de um alelo SNP central. O kSNP100 pode analisar genomas completos (acabados) e genomas inacabados em contigs montados ou leituras brutas e não montadas. Os genomas acabados e inacabados podem ser analisados juntos, e o kSNP pode baixar automaticamente os arquivos Genbank dos genomas acabados e incorporar as informações desses arquivos na anotação do SNP.
Nenhuma habilidade de programação é necessária para usar o kSNP4
Gardner, SN e Hall, BG 2013. . PLoS ONE, 8(12):e81760.doi:10.1371/journal.pone.0081760
Gardner, SN, T. Slezak e BG Hall. 2015 Bioinformatics 31: 2877-2878 doi: 10.1093/bioinformatics/btv271
Categorias
Este é um aplicativo que também pode ser obtido em https://sourceforge.net/projects/ksnp/. Ele foi hospedado no OnWorks para ser executado online da maneira mais fácil a partir de um de nossos Sistemas Operativos gratuitos.
