Aceasta este comanda alter-sequence-alignment care poate fi rulată în furnizorul de găzduire gratuit OnWorks folosind una dintre multiplele noastre stații de lucru online gratuite, cum ar fi Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online Windows sau emulator online MAC OS
PROGRAM:
NUME
alter-sequence-alignment - secvențe genomice ALignment Transformation EnviRonment
REZUMAT
alter-secvență-aliniere [opțiune] [secvenţă]
DESCRIERE
ALTER (ALignment Transformation EnviRonment) este un instrument de transformare
între mai multe formate de aliniere a secvenței. ALTER se concentrează pe
mai degrabă specificațiile programelor de aliniere și analiză principale decât
privind conversia între formate mai mult sau mai puțin specifice.
OPŢIUNI
-c (--colaps)
Restrângeți secvențele la haplotipuri.
-cg (--collapseGaps)
Tratați golurile ca date lipsă atunci când colapsați.
-cl (--collapseLimit) N
Limita de conexiune (secvențele care diferă la <= l site-uri vor fi restrânse) (implicit este
l=0).
-cm (--collapseLipsă)
Numărați datele lipsă ca diferențe atunci când restrângeți.
-i (--intrare) DOSAR
Fișier de intrare.
-in absenta (--inputAutodetect)
Format de detectare automată (alte opțiuni de introducere sunt omise).
-dacă (--formatul de intrare) VAL
Format de intrare (ALN, FASTA, GDE, MEGA, MSF, NEXUS, PHYLIP sau PIR).
-io (--inputOS) VAL
Sistem de operare de intrare (Linux, MacOS sau Windows)
-ip (--inputProgram) VAL
Program de introducere (Clustal, MAFFT, MUSCLE, PROBCONS sau TCoffee).
-o (--ieșire) DOSAR
Fisier de iesire.
-de (--format de iesire) VAL
Format de ieșire (ALN, FASTA, GDE, MEGA, MSF, NEXUS, PHYLIP sau PIR).
-ol (--outputLowerCase)
Ieșire Lowe case.
-om (--outputMatch)
Caractere de potrivire de ieșire.
-pe (--outputResidueNumbers)
Numerele reziduale de ieșire (numai formatul ALN).
-oo (--outputOS) VAL
Sistem de operare de ieșire (Linux, MacOS sau Windows).
-op (--outputProgram) VAL
Program de ieșire (jModelTest, MrBayes, PAML, PAUP, PhyML, ProtTest, RAxML, TCS,
CodABC, BioEdit, MEGA, dnaSP, Se-Al, Mesquite, SplitsTree, Clustal, MAFFT, MUSCLE,
PROBCONS, TCoffee, Gblocks, SeaView, trimAl sau GENERAL)
-tu (--outputSequential)
Ieșire secvențială (numai formatele NEXUS și PHYLIP).
Utilizați alter-sequence-alignment online folosind serviciile onworks.net
