Aceasta este comanda asn2ff care poate fi rulată în furnizorul de găzduire gratuit OnWorks folosind una dintre multiplele noastre stații de lucru online gratuite, cum ar fi Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online Windows sau emulator online MAC OS
PROGRAM:
NUME
asn2ff - convertiți datele biologice ASN.1 într-un format plat (versiunea veche)
REZUMAT
asn2ff [-] [-A X] [-B X] [-C] [-G] [-L F] [-M] [-R] [-V F] [-a nume de fișier] [-b] [-d] [-e]
[-f b/p/e/s/x/z] [-g] [-h F] [-k F] [-l nume de fișier] [-m r/d/s/c/k/l/e/p] [-n F]
[-o nume de fișier] [-p F] [-q] [-r nume de fișier] [-s] [-t] [-v F] [-w] [-y] [-z]
DESCRIERE
asn2ff convertește descrierile secvențelor biologice din formatul ASN.1 al NCBI într-unul dintre
mai multe formate de fișiere plate. Acest program este construit în jurul unei interfețe depreciate; Vă rog
utilizare asn2gb(1) in schimb.
OPŢIUNI
Un rezumat al opțiunilor este inclus mai jos.
- Imprimați mesajul de utilizare
-A X Arată regiunea începând de la X (implicit este 0)
-B X Arată regiunea care se termină la X (implicit este ultima poziție)
-C Afișați comentariile Bankit
-G Ieșirea este o bioseq de top numai în vizualizarea genomului
-L F Utilizați vechiul format de linie LOCUS (pre-Genbank 127.0).
-M Ieșirea este numai pentru bioseqvuri hărți
-R Pentru lansarea GenBank
-V F Nu utilizați VERSIUNEA
-a nume de fișier
Nume fișier pentru intrarea ASN.1 (implicit este stdin)
-b Introduceți fișierul asn în modul binar
-d Utilizați indexarea SeqMgr
-e Intrarea este o intrare Seq
-f b/p/e/s/x/z
Format de iesire:
b GenBank (implicit)
p GenPept
e EMBL
s PseudoEMBL
x GenBankSelect
z EMBLPEPT
-g Afișați numerele gi
-h F Ascundeți secvența
-k F Nu utilizați seturi complexe (phy-set, mut-set, pop-set)
-l nume de fișier
Înregistrați erorile în nume de fișier
-m r/d/s/c/k/l/e/p
Mod de ieșire:
eliberare r (implicit)
d gunoi
s Paiete
c Cromoscop
k dir-sub-debug
l dir-sub
e revizui
p raport parțial
-n F Legare strictă a genelor
-o nume de fișier
Nume fișier de ieșire (implicit este stdout)
-p F Omiteți noile caracteristici ale genelor
-q Ieșirea este doar o bioseq de top
-r nume de fișier
Fișierul jurnal de eroare de ieșire (implicit este stderr)
-s Intrarea este un Seq-submit
-t Afișează textul mesajului verbos
-v F Suprimați mesajele de eroare
-w Utilizați formatul de ieșire HTML
-y Numai formatul de ajutor pentru imprimare
-z Algoritm nou pentru organisme
Utilizați asn2ff online folosind serviciile onworks.net
