asn2gb - Online în cloud

PROGRAM:

NUME

asn2gb - convertiți datele biologice ASN.1 într-un format plat în stil GenBank

REZUMAT

asn2gb [-] [-A acces] [-F] [-a de tip asn] [-b] [-c] [-d] [-f format] [-g N] [-h N]
[-i nume de fișier] [-j N] [-k N] [-l nume de fișier] [-m mod] [-n nume de fișier] [-o nume de fișier] [-p]
[-q nume de fișier] [-r] [-s stil] [-t N] [-u N] [-y N]

DESCRIERE

asn2gb convertește descrierile secvențelor biologice din formatul ASN.1 al NCBI într-unul dintre
mai multe formate de fișiere plate și este succesorul asn2ff(1).

OPŢIUNI

Un rezumat al opțiunilor este inclus mai jos.

- Imprimați mesajul de utilizare

-A acces
Aderare la preluare; poate lua forma acces,complexitate,steaguri Unde complexitate
ar trebui să fie în mod normal 0 și steaguri Valoarea -1 permite preluarea caracteristicilor externe
(ca și în cazul moștenirii -F opțiune)

-F Preluați adnotări de la distanță (echivalent cu specificarea -A acces,0,-1)

-a de tip asn
ASN.1 Tip:
[Înregistrare unică]
a Oricare (detectat automat; implicit)
e seq-Entry
b Bioseq
s bioseq-Set
m secv-subMit
q Catenat
[Fișier de lansare; componente procesate și eliberate individual]
t lot bioseq-set
u batch seq-Submit

-b Fișierul de intrare este binar

-c Fișierul batch este comprimat

-d Seq-loc minus fir

-f format
Format:
b GenBank (implicit)
bp sau pb
GenBank și GenPept
e EMBL
p GenPept
q nucleotide GBSet (XML)
r protein GBSet (XML)
t Doar tabelul de caracteristici
x nucleotide INSDSet (XML)
y tiny seq (XML)
Y FASTA
proteina z INSDSet (XML)

-g N Indicatori de biți (toate implicit dezactivate):
1 HTML
2 XML
4 ContigFeats
8 ContigSrcs
16 FarTransl

-h N Semnale de blocare/căutare (toate implicite sunt dezactivate):
8 LockProd
16 LookupComp
64 LookupProd

-i nume de fișier
Nume fișier de intrare (implicit = stdin)

-j N Locația de pornire (implicit este 0, începutul secvenței)

-k N Locația finală (implicit este 0, sfârșitul secvenței)

-l nume de fișier
Fișier jurnal

-m mod
Mod:
r Eliberare
e Entrez
s Paiete (implicit)
d Dump

-n nume de fișier
Asn2Flat Executable (implicit = asn2flat)

-o nume de fișier
Nume fișier de ieșire (implicit = stdout)

-p Propagați descriptorii de top

-q nume de fișier
Ffdiff Executable (implicit = /netopt/genbank/subtool/bin/ffdiff)

-r Activați preluarea de la distanță

-s stil
Stil:
n Normal (implicit)
s Segment
m Maestru
c Contig

-t N Lot:
Raportul 1
2 Paiete/Eliberare
3 asn2gb SSEC/nocleanup
4 asn2flat BSEC/nocleanup
5 asn2gb/asn2flat
6 asn2gb NOU dbxref/OLD dbxref
7 oldasn2gb/newasn2gb
-u N Steaguri personalizate (toate implicit dezactivate):
4 Ascundeți caracteristicile
1792 Ascunde referințe
8192 Ascunde sursele
262144 Ascunde traducerile

-y N ID articol caracteristic

Utilizați asn2gb online folosind serviciile onworks.net