bile - Online în Cloud

PROGRAM:

NUME

bile - preprocesor pentru modele de umplere a spațiului în pachetul de grafică moleculară Raster3D

REZUMAT

bile [-h]

Mingi citește un fișier care descrie culorile atomului și/sau un fișier de coordonate PDB și produce a
fișier care conține înregistrări de descriptor Raster3D pentru fiecare atom din fișierul de intrare. Fișierul
produsă de bile poate fi alimentat direct randament sau poate fi combinat cu descriptor
fișiere produse de alte utilitare Raster3D.

EXEMPLE

Pentru a descrie un model simplu de umplere a spațiului colorat după tipul de reziduu:

cat mycolours.pdb proteina.pdb | mingi | randare > mypicture.png

Pentru a include o matrice de vizualizare preselectată cu același model:

cp view1.matrix setup.matrix
cat mycolours.pdb proteina.pdb | mingi | randare > mypicture.png

Pentru a adăuga antet înregistrări care descriu o scară și o vizualizare preselectate:

cat mycolours.pdb proteina.pdb | bile -h > bile.r3d
cap de pisică.r3d bile.r3d | randare > mypicture.png

OPŢIUNI

-h

Suprimați înregistrările antet în ieșire. În mod implicit bile va produce un fișier de ieșire care
începe cu înregistrările antet care conțin un set implicit de opțiuni de scalare și procesare.
-h flag va suprima aceste înregistrări antet astfel încât fișierul de ieșire să conțină numai
descriptori de sfere. Această opțiune este utilă pentru a produce fișiere care descriu doar o parte din
o scenă și care urmează să fie ulterior combinate cu fișiere descriptor produse de alții
programe.

DESCRIERE

Intrarea către bile constă dintr-un singur fișier text care conține informații despre culoare și atomic
coordonate în format de bancă de date PDB. Coordonatele sunt scoase ca descriptor Raster3D
înregistrări cu culori și razele sferei atribuite conform înregistrărilor COLO descrise
de mai jos. În mod implicit, atomilor li se atribuie culori CPK. În mod implicit, fișierul de ieșire conține a
set de înregistrări antet, conform cerințelor randament program. Antetul este construit pentru
include o matrice TMAT corespunzătoare matricei de transformare conținută în fișier
setare.matrice (dacă există), sau la unghiurile euleriene cuprinse în dosar setare.unghiuri (dacă
exista).

Culorile sunt atribuite atomilor printr-un proces de potrivire, folosind înregistrările COLOR adăugate la
fișierul PDB de intrare. Raster3D folosește un tip de înregistrare pseudo-PDB cu COLO în primele 4
coloane:

Coloane

1 - 4 COLO

7 - 30 Mască (descrisă mai jos)

31 - 38 Componentă roșie

39 - 46 Componenta verde

47 - 54 Componenta albastra

55 - 60 van der Waals raza în Angstroms

61 - 80 Comentarii

Rețineți că componentele roșu, verde și albastru sunt în aceleași poziții ca și X, Y și Z
componente ale unei înregistrări ATOM sau HETA, iar raza van der Waals merge în locul lui
Ocupare. Componentele roșu, verde și albastru trebuie să fie toate în intervalul 0 la 1.

Câmpul Mască este utilizat în procesul de potrivire după cum urmează. Mai întâi programul citește în și
stochează toate înregistrările ATOM, HETA și COLOR în ordinea introducerii. Apoi trece prin fiecare
înregistrarea ATOM/HETA stocată pe rând și caută o înregistrare CULOARE care se potrivește cu
Înregistrare ATOM/HETA în toate coloanele de la 7 la 30. Prima astfel de înregistrare COLOR găsită
determină culoarea și raza atomului.

Pentru ca o înregistrare COLOR să poată furniza specificații de culoare și rază pentru mai mult de
un atom (de exemplu, pe baza reziduului sau a tipului de atom, sau orice alt criteriu pentru care etichetele pot
fi dat undeva în coloanele de la 7 la 30), simbolul „#” este folosit ca wildcard. Adică a
# dintr-o înregistrare COLOR se potrivește cu orice caracter din coloana corespunzătoare într-un ATOM sau HETA
record. Toate celelalte caractere trebuie să se potrivească literal pentru a conta ca potrivire. Rețineți că
ultima înregistrare COLO din intrare ar trebui să aibă # simboluri în toate coloanele de la 7 la 30 inchi
pentru a furniza o culoare pentru orice atom a cărui înregistrare ATOM/HETA nu se potrivește cu niciuna anterioară
înregistrare CULOARE. Această idee de potrivire a măștilor pentru specificațiile de culoare se datorează lui Colin
Adus la.

Mai multe fișiere de înregistrări COLOR, inclusiv unul bazat pe „Shapely Models” a lui Bob Fletterick
și alte piese care imită modelul CPK sunt furnizate ca mostre.

MEDIUL

Fișierele setup.matrix și setup.angles, dacă există, afectează
înregistrări antet produse de bile.

SOURCE

anonim ftp site-ul:
ftp.bmsc.washington.edu

web URL-ul:
http://www.bmsc.washington.edu/raster3d/raster3d.html

a lua legatura:
Ethan A Merritt
Universitatea din Washington, Seattle WA 98195
[e-mail protejat]

Folosește mingi online folosind serviciile onworks.net