Aceasta este comanda bp_biofetch_genbank_proxyp care poate fi rulată în furnizorul de găzduire gratuit OnWorks folosind una dintre multiplele noastre stații de lucru online gratuite, cum ar fi Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online Windows sau emulator online MAC OS
PROGRAM:
NUME
bp_biofetch_genbank_proxy.pl - Memorarea în cache a unui proxy web compatibil cu BioFetch pentru GenBank
REZUMAT
Instalați în directorul cgi-bin al unui server Web. Stai deoparte.
DESCRIERE
Acest script CGI acționează ca partea de server a protocolului BioFetch, așa cum este descris în
http://obda.open-bio.org/Specs/. Oferă două servicii de acces la baze de date, unul pentru date
sursa „genbank” (intrări de nucleotide) și cealaltă pentru sursa de date „genpep” (proteine
intrări).
Acest script funcționează prin transmiterea solicitărilor sale către scriptul eutils al NCBI, care se află la
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/efetch.fcgi. Apoi reformatează ieșirea
conform formatului BioFetch, astfel încât secvențele să poată fi procesate și returnate de către
Modulul Bio::DB::BioFetch. Intrările returnate sunt stocate temporar în cache pe serverul Web
sistem de fișiere, permițând ca intrările accesate frecvent să fie preluate fără o altă rundă
excursie la NCBI.
INSTALARE
Trebuie să aveți următoarele instalate pentru a rula acest script:
1) perl
2) modulele perl LWP și Cache::FileCache
3) un server web (recomandat Apache)
Pentru a instala acest script, copiați-l în directorul cgi-bin al serverului web. Poate vrei
a-i scurta numele; „dbfetch” este recomandat.
Există mai multe constante situate în partea de sus a scriptului pe care poate doriți să le ajustați.
Acestea sunt:
CACHE_LOCATION
Aceasta este locația din sistemul de fișiere în care vor fi localizate fișierele din cache. The
implicit este /usr/tmp/dbfetch_cache.
MAX_SIZE
Aceasta este dimensiunea maximă la care poate crește memoria cache. Când memoria cache depășește această dimensiune
intrările mai vechi vor fi șterse automat. Setarea implicită este 100,000,000 de octeți
(100 MB).
EXPIRARE
Intrările care nu au fost accesate în această perioadă de timp vor fi eliminate din cache.
Valoarea implicită este 1 săptămână.
PURGE
Această constantă specifică cât de des va fi curățată memoria cache pentru intrările mai vechi. Implicit
este de 1 oră.
TESTARE
Pentru a vedea dacă acest script funcționează conform așteptărilor, îl puteți testa cu acest script:
utilizați Bio::DB::BioFetch;
my $db = Bio::DB::BioFetch->new(-baseaddress=>'http://localhost/cgi-bin/dbfetch',
-format => 'genbank',
-db => 'genbank');
my $seq = $db->get_Seq_by_id('DDU63596');
print $seq->seq,"\n";
Aceasta ar trebui să imprime o secvență de ADN.
Utilizați bp_biofetch_genbank_proxyp online folosind serviciile onworks.net