Aceasta este comanda bp_hmmer_to_tablep care poate fi rulată în furnizorul de găzduire gratuit OnWorks folosind una dintre multiplele noastre stații de lucru online gratuite, cum ar fi Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online Windows sau emulator online MAC OS
PROGRAM:
NUME
bp_hmmer_to_table - transformați ieșirea HMMER în format tabelar
REZUMAT
bp_hmmer_to_table [-e evaluefilter] [-b bitscorefilter] [--header] [-o outfile] inputfile1 inputfile2 ...
DESCRIERE
Opțiuni pentru linia de comandă:
-e/--evalue evalue -- filtrează după valoare
-b/--bitscore bitscore -- filtrează după bitscore
--header -- steag boolean pentru a tipări antetul coloanei
-o/--out -- fișier de ieșire opțional pentru a scrie date,
altfel va scrie la STDOUT
-h/--help -- arată această documentație
Din punct de vedere tehnic, nu este un script SearchIO, deoarece acesta nu utilizează componente Bioperl, dar este un
util si rapid. Ieșirea este tabelară.
secvență de interogare/domeniu (acestea sunt flip-flopped pentru hmmsearch/hmmpfam)
începe interogarea
sfârșitul interogării
domeniul/numele secvenței sau accesarea PFAM
apăsați start
a lovit capătul
scor
e-valoare
nume de domeniu/secvență (acestea sunt flip-flopped pentru hmmsearch / hmmpfam)
AUTOR - Jason Stajich
Jason Stajich jason_at_bioperl-dot-org
Utilizați bp_hmmer_to_tablep online folosind serviciile onworks.net
