Aceasta este comanda bp_mask_by_searchp care poate fi rulată în furnizorul de găzduire gratuit OnWorks folosind una dintre multiplele noastre stații de lucru online gratuite, cum ar fi Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online Windows sau emulator online MAC OS
PROGRAM:
NUME
bp_mask_by_search - masca secvențe pe baza rezultatelor alinierii sale
REZUMAT
bp_mask_by_search.pl -f blast genomefile blastfile.bls > maskedgenome.fa
DESCRIERE
Secvență de mască bazată pe aliniamente semnificative ale unei alte secvențe. Trebuie să oferiți
fișierul raport și toate datele secvenței pe care doriți să le mascați. În mod implicit, aceasta va
presupuneți că ați făcut un TBLASTN (sau TFASTY) și încercați să mascați secvența de accesare presupunând
ați furnizat fișierul de secvență pentru baza de date cu accesări. Dacă doriți să faceți
inversați și mascați secvența de interogare, specificați indicatorul de interogare de tip -t/--.
Acest lucru va fi citit în întregul fișier secvență în memorie, așa că pentru genomi mari acest lucru poate
a cădea. Folosesc DB_File pentru a preveni păstrarea totul în memorie, o soluție este să
împărțiți genomul în bucăți (ÎNAINTE de a rula căutarea DB, totuși, doriți să utilizați
exact fișierul cu care ați explodat ca intrare în acest program).
Sub liniuța dublă (--) opțiunile sunt de forma --format=fasta sau --format fasta sau tu
pot spune doar -f fasta
Prin -f/--format vreau să spun că fie sunt opțiuni acceptabile. =s sau =n sau =c le specifică
argumentele așteaptă un „șir”
Opțiuni:
-f/--format=s Formatul raportului de căutare (fasta,blast,axt,hmmer,etc)
-sf/--sformat=s Format secvență (fasta,genbank,embl,swissprot)
--hardmask (booelean) Hard mask the secvența
cu maskchar [implicit este masca cu minuscule]
--maskchar=c Caracter de mascat cu [implicit este N], modificare
la „X” pentru secvențele de proteine
-e/--evalue=n Limită de evaluare doar pentru HSP-uri și Hits
masca secvență dacă alinierea are o valoare specificată
sau mai bine
-o/--out/
--outfile=fișier Fișierul de ieșire în care să salvezi secvența mascată.
-t/--type=s Tipul secv. de aliniere pe care doriți să-l mascați
„hit” sau secvența „interogare”. [implicit este „hit”]
--minlen=n Lungimea minimă a unui HSP pentru ca acesta să fie utilizat
în mascare [implicit 0]
-h/--help Vedeți aceste informații de ajutor
AUTOR - Jason Stajich
Jason Stajich, jason-at-bioperl-dot-org.
Utilizați bp_mask_by_searchp online folosind serviciile onworks.net