Aceasta este comanda cd-hit-para care poate fi rulată în furnizorul de găzduire gratuit OnWorks folosind una dintre multiplele noastre stații de lucru online gratuite, cum ar fi Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online Windows sau emulator online MAC OS
PROGRAM:
NUME
cd-hit-para.pl - împărțiți o lucrare mare de grupare în bucăți pentru a rula joburi cd-hit sau cd-hit-est
REZUMAT
cd-hit-para.pl Opțiuni
DESCRIERE
Acest script împarte o lucrare mare de grupare în bucăți și trimite joburi la distanță
computere printr-o rețea pentru a o face paralelă. După ce s-au terminat toate lucrările,
script-ul îmbina rezultatele grupării ca și cum ați rula doar un singur CD-hit sau
cd-hit-est.
De asemenea, îl puteți folosi pentru a împărți lucrări mari pe un singur computer, dacă computerul dvs. o face
nu ai suficientă memorie RAM (cu -L opțiune).
Cerinte:
1 Când rulați acest script într-o rețea, directorul în care aveți
rulați scripturile și fișierele de intrare trebuie să fie disponibile pe toate gazdele la distanță cu
drum identic.
2 Dacă alegeți „ssh” pentru a trimite joburi, trebuie să aveți
ssh fără parolă către orice gazdă la distanță, consultați manualul ssh pentru a ști cum să configurați
ssh fără parolă.
3 Vă sugerez să utilizați sistemul de așteptare în loc de ssh,
În prezent susțin PBS și SGE
4 cd-hit cd-hit-2d cd-hit-est cd-hit-est-2d
cd-hit-div cd-hit-div.pl trebuie să fie în același director în care se află acest script.
Opţiuni
-i introduceți numele fișierului în format fasta, necesar
-o numele fișierului de ieșire, necesar
-P program, „cd-hit” sau „cd-hit-est”, implicit „cd-hit”
--B numele de fișier al listei de gazde,
necesar cu excepția cazului în care -Q or -L opțiunea este furnizată
--L numărul de procesoare pe computerul local, implicit 0
atunci când nu îl rulați peste un cluster, puteți utiliza această opțiune pentru a împărți un grup mare
gruparea lucrărilor în bucăți mici, vă sugerez să utilizați doar „--L 1” dacă nu aveți
suficientă RAM pentru fiecare procesor
--S Numărul de segmente în care să împărțiți DB de intrare, implicit 64
--Q numărul de lucrări de trimis la sistemul de așteptare, implicit 0
în mod implicit, programul folosește modul ssh pentru a trimite joburi la distanță
--T tip de sistem de așteptare, „PBS”, „SGE” sunt acceptate, implicit PBS
--R fișierul de repornire, utilizat după un accident de rulare
-h imprimați acest ajutor
Mai multe opțiuni cd-hit/cd-hit-est pot fi specificate în linia de comandă
Întrebări, erori, contactați Weizhong Li la [e-mail protejat]
Utilizați cd-hit-para online folosind serviciile onworks.net
