cmtk-registration - Online în cloud

PROGRAM:

NUME

înregistrare - Înregistrare rigidă și afină

REZUMAT

înregistrare ReferenceImage FloatingImage

DESCRIERE

Acest program realizează înregistrarea rigidă și afină a imaginii folosind multi-rezoluție
optimizarea măsurilor de similitudine a imaginilor bazate pe voxel.

OPŢIUNI

Caritate Setul de instrumente Opţiuni (aceste sunt comun by toate CMTK instrumente)
--Ajutor
Scrieți lista cu opțiunile de bază ale liniei de comandă la ieșirea standard.

--ajută-toți
Scrieți lista completă a opțiunilor de linie de comandă de bază și avansate la ieșirea standard.

--wiki
Scrieți lista de opțiuni de linie de comandă la ieșirea standard în marcajul MediaWiki.

--om
Scrieți sursa paginii de manual în marcajul „nroff” la ieșirea standard.

--xml
Scrieți specificația de sintaxă a liniei de comandă în marcaj XML (pentru integrarea Slicer).

--versiune
Scrieți versiunea setului de instrumente în ieșirea standard.

--ecou
Scrieți linia de comandă curentă la ieșirea standard.

--nivel-verbos
Setați nivelul de verbozitate.

--verbos, -v
Creșteți nivelul de verbozitate cu 1 (învechit; acceptat pentru compatibilitate cu versiunea anterioară).

--fire
Setați numărul maxim de fire paralele (pentru fire POSIX și OpenMP).

Automatizare Opţiuni
--auto-multi-nivele
Optimizare automată și generare de parametri de rezoluție pt niveluri [Mod implicit:
0]

Optimizare setări
--explorare , -e
Explorare [mărimea pasului de optimizare inițială] [Mod implicit: 8]

--precizie , -a
Precizie [mărimea pasului final al optimizatorului] [Mod implicit: 0.1]

--factor de pas , -f
Factorul pentru reducerea dimensiunii pasului de căutare. Trebuie să fie > 0.0 și < 1.0 [Mod implicit: 0.5]

--delta-f-threshold
Prag opțional pentru a opri optimizarea (nivelul) în cazul schimbării relative a țintei
funcția scade sub această valoare. [Mod implicit: 0]

Imagine rezoluţie parametrii
--prelevarea de probe , -s
Eșantionarea imaginii (cea mai bună rezoluție a imaginii reeșantionate) [Mod implicit: 1]

--cel mai grosolan
Limita superioară pentru eșantionarea imaginilor în ierarhie multirezoluție [Mod implicit: -unu]

--omiteți-datele-originale
Nu utilizați datele originale la rezoluție completă, omiteți etapa finală în multirezoluție
ierarhie, reducând astfel timpul de calcul.

Transformare parametrii
--dofs [, ,...]
Adăugați numărul de grade de libertate [se poate repeta]

--dofs-final [, ,...]
Adăugați numărul de grade de libertate numai pentru nivelul final [se poate repeta]

--nu-comutator, -n
Nu comutați automat referința și imaginea plutitoare pentru a îmbunătăți calculul
performanță

--initxlate, -i
Transformare inițializată prin translatarea centrului FOV al imaginii plutitoare în referință
imagine centru FOV

--iniţială
Inițializați transformarea din calea dată [Mod implicit: NICI UNUL]

--inițial-este-invers
Inversați transformarea inițială înainte de a inițializa înregistrarea

Imagine de date
--înregistrare-metric
Valoarea de înregistrare pentru estimarea mișcării prin înregistrarea imagine-la-imagine. Sprijinit
valori: „nmi”, „mi”, „cr”, „msd”, „ncc”, unde implicit este „nmi”, sau utilizați una dintre
următoarele:

--nmi
Valoarea Informațiilor reciproce normalizate [Acest is il Mod implicit]

--mi Valoarea standard pentru informații reciproce

--cr Valoarea raportului de corelație

--msd
Valoarea Diferenței medii pătrate

--ncc
Valoarea corelației încrucișate normalizate

--histograme de potrivire
Potriviți histograma imaginii plutitoare cu histograma imaginii de referință.

Referinţă Imagine preprocesare
--clasa-ref
Clasa de date: gri (implicit) sau etichetă [Mod implicit: NICI UNUL]

--pad-ref
Valoare de umplutură [Mod implicit: dezactivat]

--treier-min-ref
Pragul minim de trunchiere a valorii [Mod implicit: dezactivat]

--treier-max-ref
Pragul maxim de trunchiere a valorii [Mod implicit: dezactivat]

--prune-histograma-ref
Numărul de coșuri pentru tăierea bazată pe histogramă [Mod implicit: dezactivat]

--histograma-egalizare-ref
Aplicați egalizarea histogramei

--sobel-filtru-ref
Aplicați filtrul Sobel de detectare a marginilor

--crop-index-ref
Decuparea regiunii în coordonatele indexului pixelilor [analizată ca %d,%d,%d,%d,%d,%d pentru
i0,j0,k0,i1,j1,k1] [Mod implicit: NICI UNUL]

--crop-world-ref
Regiunea de decupare în coordonatele lumii [analizată ca %f,%f,%f,%f,%f,%f pentru
x0,y0,z0,x1,y1,z1] [Mod implicit: NICI UNUL]

plutitor Imagine preprocesare
--clasa-flt
Clasa de date: gri (implicit) sau etichetă [Mod implicit: NICI UNUL]

--pad-flt
Valoare de umplutură [Mod implicit: dezactivat]

--treier-min-flt
Pragul minim de trunchiere a valorii [Mod implicit: dezactivat]

--treier-max-flt
Pragul maxim de trunchiere a valorii [Mod implicit: dezactivat]

--prune-histogramă-flt
Numărul de coșuri pentru tăierea bazată pe histogramă [Mod implicit: dezactivat]

--histogramă-egalizare-flt
Aplicați egalizarea histogramei

--sobel-filter-flt
Aplicați filtrul Sobel de detectare a marginilor

--crop-index-flt
Decuparea regiunii în coordonatele indexului pixelilor [analizată ca %d,%d,%d,%d,%d,%d pentru
i0,j0,k0,i1,j1,k1] [Mod implicit: NICI UNUL]

--crop-world-flt
Regiunea de decupare în coordonatele lumii [analizată ca %f,%f,%f,%f,%f,%f pentru
x0,y0,z0,x1,y1,z1] [Mod implicit: NICI UNUL]

producție parametrii
--în afara listei , -o
Calea de ieșire pentru transformarea finală [Mod implicit: NICI UNUL]

--out-matrice
Calea de ieșire pentru transformarea finală în format matrice [Mod implicit: NICI UNUL]

--out-parameters
Calea de ieșire pentru transformarea finală în format simplu de listă de parametri [Mod implicit: NICI UNUL]

--protocol , -p
Numele fișierului de ieșire al protocolului de optimizare [Mod implicit: NICI UNUL]

--timp , -t
Numele fișierului de ieșire al statisticilor de timp de calcul [Mod implicit: NICI UNUL]

Import REZULTATE în Slicer
--out-itk
Calea de ieșire pentru transformarea finală în format ITK [Mod implicit: NICI UNUL]

--scriere-reformatată
Scrieți o imagine plutitoare reformatată. [Mod implicit: NICI UNUL]

Imagine/Transformare Baza de date
--db
Calea către baza de date de imagini/transformare care ar trebui actualizată cu noua
înregistrare și/sau imagine reformatată. [Mod implicit: NICI UNUL]

AUTORI

Torsten Rohlfing, cu contribuții de la Michael P. Hasak, Greg Jefferis, Calvin R.
Maurer, Daniel B. Russakoff și Yaroslav Halchenko

Utilizați înregistrarea cmtk online folosind serviciile onworks.net