eprimer3e - Online în cloud

PROGRAM:

NUME

eprimer3 - Alege primerii PCR și oligoele de hibridizare

REZUMAT

eprimer3 -secvenţă seqall [-grund comutare] -sarcină listă [-sondă hibridă comutare]
-mishybibraryfile infile -mispriminglibraryfile infile [-numreturn întreg]
[-regiune inclusă gamă] [-regiune tinta gamă] [-regiune exclusă gamă]
[-forwardinput şir] [-intrare inversă şir] -gcclamp întreg -odimensionare întreg
-dimensiune minimă întreg -dimensiune maxima întreg -otm pluti -mintm pluti -maxtm pluti
-maxdifftm pluti -ogcprocent pluti -mingc pluti -maxgc pluti -satconc pluti
-dnaconc pluti -maxpolix întreg -psizeopt întreg -frange gamă -ptmopt pluti
-ptmmin pluti -ptmmax pluti -oregiune exclusă gamă -oligoinput şir
-osizeopt întreg -ominsize întreg -omaxsize întreg -otmopt pluti -otmmin pluti
-otmmax pluti -ogcopt pluti -ogcmin pluti -ogcmax pluti -osaltconc pluti
-odnaconc pluti -oricine pluti -oendself pluti -opolyxmax întreg
-omishybmax pluti -explica steagul boolean -fileflag boolean -firstbaseindex întreg
-alege oricum boolean -maximprimare pluti -pairmaxmispriming pluti
-numnsacceptat întreg -selfany pluti -se încheie pluti -maxendstability pluti
-outfile outfile

eprimer3 -Ajutor

DESCRIERE

eprimer3 este un program de linie de comandă de la EMBOSS („The European Molecular Biology Open
Suita de software”). Face parte din grupul (grupurile) de comandă „Nucleic:Primers”.

OPŢIUNI

Intrare secțiune
-secvenţă seqall
Secvența din care să aleagă primerii. Secvența trebuie prezentată de la 5’ la 3’

-grund comutare
Spuneți EPrimer3 să aleagă primer(ele) Valoare implicită: Y

-sarcină listă
Spuneți lui EPrimer3 ce sarcină să efectueze. Valorile legale sunt 1: „Pick PCR primers”, 2: „Pick
Numai grund direct”, 3: „Alegeți numai grund invers”, 4: „Nu sunt necesare amorse”. Mod implicit
valoare: 1

-sondă hibridă comutare
Un „oligo intern” este destinat să fie utilizat ca sondă de hibridizare (sondă hibridă) la
detectează produsul PCR după amplificare. Valoarea implicită: N

-mishybibraryfile infile
Similar cu MISPRIMING-LIBRARY, cu excepția faptului că evenimentul pe care căutăm să îl evităm este hibridizarea
a oligo-ului intern la secvențele din această bibliotecă, mai degrabă decât amorsarea din ele. The
fișierul trebuie să fie în format FASTA (ușor restricționat) (WB Pearson și DJ Lipman,
PNAS 85:8 pp 2444-2448 [1988]); discutăm pe scurt despre organizarea acestui dosar
de mai jos. Dacă acest parametru este specificat, atunci EPrimer3 aliniază local fiecare candidat
oligo împotriva fiecărei secvențe de bibliotecă și respinge acei primeri pentru care local
scorul de aliniere ori depășit de o greutate specificată (vezi mai jos).
INTERN-OLIGO-MAX-MISHYB. (Valoarea maximă a greutății este setată în mod arbitrar la
12.0.) Fiecare intrare de secvență din fișierul în format FASTA trebuie să înceapă cu o „linie id” care
începe cu „>”. Conținutul liniei de id este „ușor restricționat” în acel EPrimer3
analizează totul după orice asterisc opțional ('*') ca număr în virgulă mobilă de utilizat
ca greutatea menționată mai sus. Dacă linia de identificare nu conține asterisc, atunci greutatea
implicit la 1.0. Sistemul de punctare al alinierii utilizat este același ca și pentru calcul
complementaritatea între oligos (de exemplu, SELF-ANY). Restul unei intrări conține
secvență ca linii care urmează linia id până la o linie care începe cu „>” sau la sfârșit
a dosarului. Spațiile albe și liniile noi sunt ignorate. Caracterele „A”, „T”, „G”, „C”, „a”,
„t”, „g”, „c” sunt păstrate și orice alt caracter este convertit în „N” (cu
consecință că orice cod IUB / IUPAC pentru baze ambigue sunt convertite în „N”).
Nu există restricții privind lungimea liniei. O valoare goală pentru acest parametru indică
că nu trebuie folosită nicio bibliotecă.

-mispriminglibraryfile infile
Numele unui fișier care conține o bibliotecă de secvențe de nucleotide de secvențe de evitat
amplificare (de exemplu secvențe repetitive sau, eventual, secvențe de gene din a
familie de gene care nu ar trebui să fie amplificată.) Fișierul trebuie să fie într-un (un pic restricționat)
format FASTA (WB Pearson și DJ Lipman, PNAS 85:8 pp 2444-2448 [1988]); noi
discutați pe scurt organizarea acestui fișier mai jos. Dacă acest parametru este specificat
apoi EPrimer3 aliniază local fiecare primer candidat față de fiecare secvență de bibliotecă și
respinge acei primeri pentru care scorul de aliniere locală multiplicat cu greutatea specificată
(vezi mai jos) depășește MAX-MISPRIMING. (Valoarea maximă a greutății este arbitrară
setată la 100.0.) Fiecare intrare de secvență din fișierul în format FASTA trebuie să înceapă cu un „id
linia" care începe cu ">". Conținutul liniei de identificare este „ușor restricționat” în
că EPrimer3 analizează totul după orice asterisc opțional ('*') ca virgulă mobilă
număr de utilizat ca greutate menționată mai sus. Dacă linia de identificare nu conține asterisc, atunci
greutatea este implicită la 1.0. Sistemul de punctare al alinierii utilizat este același ca și pentru
calcularea complementarității între oligo-uri (de exemplu, SELF-ANY). Restul unei intrări
conține secvența ca linii care urmează linia id până la o linie care începe cu „>”
sau sfârșitul fișierului. Spațiile albe și liniile noi sunt ignorate. Caracterele „A”, „T”, „G”,
„C”, „a”, „t”, „g”, „c” sunt păstrate și orice alt caracter este convertit în „N” (cu
consecința că orice cod IUB / IUPAC pentru baze ambigue sunt convertite în „N”).
Nu există restricții privind lungimea liniei. O valoare goală pentru acest parametru indică
că nu trebuie utilizată nicio bibliotecă repetată.

Suplimentar secțiune
Program Opțiuni
-numreturn întreg
Numărul maxim de perechi de primeri de returnat. Perechile de primeri returnate sunt sortate după
„calitatea” lor, cu alte cuvinte prin valoarea funcției obiectiv (unde este mai mică
numărul indică o pereche de primeri mai bună). Atenție: setarea acestui parametru la o valoare mare
valoarea va crește timpul de funcționare. Valoare implicită: 5

Secvenţă Opțiuni
-regiune inclusă gamă
O subregiune a secvenței date în care să se aleagă primeri. De exemplu, adesea
prima duzină de baze ale unei secvențe sunt vector și ar trebui excluse din
considerare. Valoarea acestui parametru are forma (start),(end) unde (start)
este indicele primei baze de luat în considerare, iar (end) este ultima din
regiunea de cules de grund.

-regiune tinta gamă
Dacă se specifică una sau mai multe ținte, atunci o pereche de primer legală trebuie să flancheze cel puțin una
dintre ei. O țintă poate fi un site de repetare a secvenței simple (de exemplu, o repetiție CA) sau
un polimorfism cu o singură pereche de baze. Valoarea ar trebui să fie o listă separată de spațiu
(start),(end) perechi unde (start) este indexul primei baze a unei ținte și
(sfârșitul) este ultimul Eg 50,51 necesită primeri pentru a înconjura cele 2 baze la pozițiile 50
și 51.

-regiune exclusă gamă
Primer oligos nu se pot suprapune în nicio regiune specificată în această etichetă. Valoarea asociată
trebuie să fie o listă separată de spații de perechi (început), (sfârșit), unde (început) este indicele
prima bază a regiunii excluse și și (sfârșitul) este ultima. Această etichetă este utilă
pentru sarcini precum excluderea regiunilor de calitate scăzută a secvenței sau pentru excluderea regiunilor
care conțin elemente repetitive precum ALU sau LINE-uri. De exemplu 401,407 68,70 interzice
selecția primerilor în cele 7 baze începând cu 401 și cele 3 baze la 68.

-forwardinput şir
Secvența unui primer primer pentru a verifica și în jurul căruia să se proiecteze primeri inversi
și oligointerne opționale. Trebuie să fie un subșir al SEQUENCE.

-intrare inversă şir
Secvența unui primer invers pentru a verifica și în jurul căruia să se proiecteze primeri înainte
și oligointerne opționale. Trebuie să fie un subșir al șirului invers al SEQUENCE.

Grund Opțiuni
-gcclamp întreg
Necesită numărul specificat de G și C consecutive la capătul 3' al ambelor
grund înainte și invers. (Acest parametru nu are niciun efect asupra oligo-ului intern, dacă unul
este solicitat.)

-odimensionare întreg
Lungimea optimă (în baze) a unui oligo primer. EPrimer3 va încerca să aleagă grunduri
aproape de această lungime. Valoare implicită: 20

-dimensiune minimă întreg
Lungimea minimă acceptabilă a unui grund. Trebuie să fie mai mare decât 0 și mai mic sau egal
la MAX-SIZE. Valoare implicită: 18

-dimensiune maxima întreg
Lungimea maximă acceptabilă (în baze) a unui grund. În prezent, acest parametru nu poate fi
mai mare de 35. Această limită este guvernată de dimensiunea maximă de oligo pentru care EPrimer3
temperatura de topire este valabila. Valoare implicită: 27

-otm pluti
Temperatura optimă de topire (Celsius) pentru un oligo primer. EPrimer3 va încerca să aleagă
amorsele cu temperaturi de topire sunt apropiate de această temperatură. Topirea oligo
formula de temperatură în EPrimer3 este cea dată în Rychlik, Spencer și Rhoads, Nucleic
Acids Research, vol. 18, num 21, pp 6409-6412 și Breslauer, Frank, Bloecker și Marky,
Proc. Natl. Acad. Sci. SUA, vol. 83, pp 3746-3750. Vă rugăm să consultați lucrarea anterioară pentru
discuție de fond. Valoare implicită: 60.0

-mintm pluti
Temperatura de topire minimă acceptabilă (Celsius) pentru un oligo primer. Valoare implicită:
57.0

-maxtm pluti
Temperatura maximă acceptabilă de topire (Celsius) pentru un oligo primer. Valoare implicită:
63.0

-maxdifftm pluti
Diferența maximă acceptabilă (nesemnată) între temperaturile de topire ale
primeri înainte și invers. Valoare implicită: 100.0

-ogcprocent pluti
Primer optim GC procent. Valoare implicită: 50.0

-mingc pluti
Procentul minim admis de Gs și Cs în orice grund. Valoare implicită: 20.0

-maxgc pluti
Procentul maxim admis de Gs și Cs în orice primer generat de Primer. Mod implicit
valoare: 80.0

-satconc pluti
Concentrația milimolară de sare (de obicei KCl) în PCR. EPrimer3 folosește acest lucru
argument pentru a calcula temperaturile de topire a oligo. Valoare implicită: 50.0

-dnaconc pluti
Concentrația nanomolară a oligosului de recoacere în PCR. EPrimer3 folosește acest lucru
argument pentru a calcula temperaturile de topire a oligo. Implicit (50nM) funcționează bine cu
protocolul standard utilizat la Whitehead/MIT Center for Genome Research --0.5
microlitri de concentrație de 20 micromolare pentru fiecare oligo primer într-un 20 microlitri
reacție cu șablon de 10 nanograme, 0.025 unități/microlitru Taq polimerază în 0.1 mM
fiecare dNTP, 1.5 mM MgCl2, 50 mM KCl, 10 mM Tris-HCL (pH 9.3) folosind 35 de cicluri cu un
temperatura de recoacere de 56 de grade Celsius. Acest parametru corespunde cu „c” în
Ecuația (ii) a lui Rychlik, Spencer și Rhoads (Nucleic Acids Research, vol. 18, nr. 21)
unde o valoare adecvată (pentru o concentrație inițială mai mică de șablon) este „empiric
determinat'. Valoarea acestui parametru este mai mică decât concentrația reală a
oligos în reacție deoarece este concentrația de oligo de recoacere, care în
rândul său, depinde de cantitatea de șablon (inclusiv produs PCR) într-un anumit ciclu. Acest
concentrația crește foarte mult în timpul unei PCR; din fericire PCR pare destul de robust
pentru o varietate de temperaturi de topire oligo. Consultați SFATURI PENTRU ALEGEREA PRIMER-urilor. Mod implicit
valoare: 50.0

-maxpolix întreg
Lungimea maximă admisă a unei mononucleotide se repetă într-un primer, de exemplu
AAAAAA. Valoare implicită: 5

Produs Opțiuni
-psizeopt întreg
Dimensiunea optimă pentru produsul PCR. 0 indică faptul că nu există un produs optim
mărimea. Valoare implicită: 200

-frange gamă
Valorile asociate specifică lungimile produsului pe care utilizatorul dorește
primeri pentru a crea și este o listă de elemente separate prin spații de forma (x)-(y) unde
o pereche (x)-(y) este un interval legal de lungimi pentru produs. De exemplu, dacă cineva dorește
Produsele PCR să fie între 100 și 150 de baze (inclusiv), atunci ar fi stabilit acest lucru
parametru la 100-150. Dacă cineva dorește produse PCR în intervalul de la 100 la 150
baze sau în intervalul de la 200 la 250 de baze, atunci ar fi setat acest parametru la
100-150 200-250. EPrimer3 favorizează intervalele din partea stângă a șirului de parametri.
EPrimer3 va returna perechi de primeri legali în primul interval, indiferent de valoarea lui
funcţia obiectiv pentru aceste perechi. Doar dacă există un număr insuficient de
primerii din primul interval vor returna primeri EPrimer3 într-un interval ulterior. Mod implicit
valoare: 100-300

-ptmopt pluti
Temperatura optimă de topire pentru produsul PCR. 0 indică faptul că nu există
temperatura optima. Valoare implicită: 0.0

-ptmmin pluti
Temperatura de topire minimă admisă a ampliconului. Vă rugăm să consultați documentația
asupra temperaturii maxime de topire a produsului pentru detalii. Valoare implicită:
-1000000.0

-ptmmax pluti
Temperatura maximă admisă de topire a ampliconului. Produsul Tm este calculat
folosind formula din Bolton și McCarthy, PNAS 84:1390 (1962), așa cum este prezentată în
Sambrook, Fritsch şi Maniatis, Molecular Cloning, p. 11.46 (1989, CSHL Press). Tm =
81.5 + 16.6(log10([Na+])) + .41*(%GC) - 600/lungime Unde [Na+} este molarul de sodiu
concentrația, (%GC) este procentul de Gs și Cs din secvență, iar lungimea este
lungimea secvenței. O formulă similară este utilizată de selecția primerului primer
program în GCG, care folosește în schimb 675.0/lungime în ultimul termen (după F. Baldino,
Jr, M.-F. Chesselet și ME Lewis, Methods in Enzymology 168:766 (1989) echn (1) on
pagina 766 fără termenii de nepotrivire și formamidă). Formulele aici și în Baldino
et al. presupune Na+ mai degrabă decât K+. Potrivit JG Wetmur, Critical Reviews în
BioChem. și Mol. bio. 26:227 (1991) 50 mM K+ ar trebui să fie echivalent în aceste formule
la .2 M Na+. EPrimer3 folosește aceeași valoare a concentrației de sare pentru a calcula atât
temperatura de topire a amorsei și temperatura de topire a oligo. Dacă ai de gând să
utilizați produsul PCR pentru hibridizare mai târziu acest comportament nu vă va oferi Tm
în condiţii de hibridizare. Valoare implicită: 1000000.0

Intern oligo intrare
-oregiune exclusă gamă
Oligo-ul mijlociu nu poate suprapune nicio regiune specificată de această etichetă. Valoarea asociată
trebuie să fie o listă separată de spații de perechi (început), (sfârșit), unde (început) este indicele
prima bază a unei regiuni excluse și (sfârșitul) este ultima. Adesea unul ar face
Regiunile țintă au excluse regiuni pentru oligos interne.

-oligoinput şir
Secvența unui oligo intern de verificat și în jurul căruia se proiectează înainte și
grunduri inverse. Trebuie să fie un subșir al SEQUENCE.

Intern oligo Opțiuni
-osizeopt întreg
Lungimea optimă (în baze) a unui oligo intern. EPrimer3 va încerca să aleagă grunduri
aproape de această lungime. Valoare implicită: 20

-ominsize întreg
Lungimea minimă acceptabilă a unui oligo intern. Trebuie să fie mai mare decât 0 și mai mic decât
sau egal cu INTERNAL-OLIGO-MAX-SIZE. Valoarea implicită: 18

-omaxsize întreg
Lungimea maximă acceptabilă (în baze) a unui oligo intern. În prezent, acest parametru
nu poate fi mai mare de 35. Această limită este guvernată de dimensiunea maximă a oligo pentru care
Temperatura de topire a lui EPrimer3 este valabilă. Valoare implicită: 27

-otmopt pluti
Temperatura optimă de topire (Celsius) pentru un oligo intern. EPrimer3 va încerca să aleagă
oligos cu temperaturi de topire apropiate de această temperatură. Topirea oligo
formula de temperatură în EPrimer3 este cea dată în Rychlik, Spencer și Rhoads, Nucleic
Acids Research, vol. 18, num 21, pp 6409-6412 și Breslauer, Frank, Bloecker și Marky,
Proc. Natl. Acad. Sci. SUA, vol. 83, pp 3746-3750. Vă rugăm să consultați lucrarea anterioară pentru
discuție de fond. Valoare implicită: 60.0

-otmmin pluti
Temperatura de topire minimă acceptabilă (Celsius) pentru un oligo intern. Valoare implicită:
57.0

-otmmax pluti
Temperatura maximă acceptabilă de topire (Celsius) pentru un oligo intern. Valoare implicită:
63.0

-ogcopt pluti
Procentul GC optim de oligo intern. Valoare implicită: 50.0

-ogcmin pluti
Procentul minim permis de Gs și Cs într-un oligo intern. Valoare implicită: 20.0

-ogcmax pluti
Procentul maxim admis de Gs și Cs în orice oligo intern generat de Primer.
Valoare implicită: 80.0

-osaltconc pluti
Concentrația milimolară de sare (de obicei KCl) în hibridizare. EPrimer3 folosește
acest argument pentru a calcula temperaturile interne de topire a oligo. Valoare implicită: 50.0

-odnaconc pluti
Concentrația nanomolară a oligointernei de recoacere în hibridizare. Mod implicit
valoare: 50.0

-oricine pluti
Scorul maxim permis de aliniere locală la testarea unui oligo intern pentru (local)
autocomplementaritatea. Autocomplementaritatea locală este luată pentru a prezice tendința de
oligos pentru a se recoapa pe ei înșiși Sistemul de notare oferă 1.00 pentru baze complementare,
-0.25 pentru o potrivire a oricărei baze (sau N) cu un N, -1.00 pentru o nepotrivire și -2.00 pentru o
decalaj. Sunt permise doar goluri dintr-o singură pereche de baze. De exemplu, alinierea 5' ATCGNA 3'
|| | | 3' TA-CGT 5' este permis (și dă un scor de 1.75), dar alinierea 5'
ATCCGNA 3' || | | 3' TA--CGT 5' nu este luat în considerare. Scorurile sunt nenegative și a
scorul de 0.00 indică faptul că nu există o aliniere locală rezonabilă între două
oligos. Valoare implicită: 12.00

-oendself pluti
Scorul maxim admisibil de aliniere globală ancorată la 3' la testarea unui singur oligo
pentru autocomplementaritate. Sistemul de notare este ca pentru Complementaritatea Maximă
argument. În exemplele de mai sus, scorurile sunt 7.00 și, respectiv, 6.00. Scorurile sunt
nenegativ, iar un scor de 0.00 indică faptul că nu există o ancorare rezonabilă în 3'
alinierea globală între două oligo-uri. Pentru a estima global 3'-ancorat
alinieri pentru oligo candidati, Primer presupune că secvența din care să aleagă
oligos este prezentat de la 5’ la 3’. INTERNAL-OLIGO-SELF-END este lipsit de sens atunci când este aplicat
oligointerne utilizate pentru detectarea bazată pe hibridizare, deoarece primer-dimer nu
apar. Vă recomandăm ca INTERNAL-OLIGO-SELF-END să fie setat cel puțin la fel de sus
INTERN-OLIGO-SINE-ORICE. Valoare implicită: 12.00

-opolyxmax întreg
Lungimea maximă admisă a unei oligomononucleotide interne se repetă, de exemplu
AAAAAA. Valoare implicită: 5

-omishybmax pluti
Similar cu MAX-MISPRIMING, cu excepția faptului că acest parametru se aplică asemănării lui
oligos intern candidat la biblioteca specificată în INTERNAL-OLIGO-MISHYB-LIBRARY.
Valoare implicită: 12.0

Avansat secțiune
-explica steagul boolean
Dacă acest indicator este adevărat, produceți LEFT-EXPLAIN, RIGHT-EXPLAIN și INTERNAL-OLIGO-EXPLAIN
etichete de ieșire, care sunt menite să furnizeze informații despre numărul de oligos și
perechi de primeri pe care le-a examinat EPrimer3 și statistici privind numărul aruncat
diverse motive. Valoarea implicită: N

-fileflag boolean
Dacă valoarea asociată este adevărată, atunci EPrimer3 creează două fișiere de ieșire pentru fiecare intrare
SECVENŢĂ. Fișier (sequence-id).for listează toți primerii înainte acceptabili pentru
(sequence-id) și (sequence-id).rev listează toți primerii inversi acceptabili pentru
(sequence-id), unde (sequence-id) este valoarea etichetei SEQUENCE-ID (care trebuie să fie
furnizate). În plus, dacă eticheta de intrare TASK este 1 sau 4, EPrimer3 produce un fișier
(sequence-id).int, care listează toate oligo-urile interne acceptabile. Valoarea implicită: N

-firstbaseindex întreg
Acest parametru este indicele primei baze din secvența de intrare. Pentru intrare și
ieșire folosind indexarea bazată pe 1 (cum ar fi cea utilizată în GenBank și la care mulți utilizatori
sunt obișnuiți) setați acest parametru la 1. Pentru intrare și ieșire folosind indexarea bazată pe 0
setați acest parametru la 0. (Acest parametru afectează și indecșii din conținutul
fișierele produse atunci când este setat indicatorul pentru fișierul primer.) Valoare implicită: 1

-alege oricum boolean
Dacă este adevărat, alegeți o pereche de primer, chiar dacă LEFT-INPUT, RIGHT-INPUT sau INTERNAL-OLIGO-INPUT
încalcă constrângeri specifice. Valoarea implicită: N

-maximprimare pluti
Asemănarea ponderată maximă permisă cu orice secvență din MISPRIMING-LIBRARY.
Valoare implicită: 12.00

-pairmaxmispriming pluti
Suma maximă permisă de asemănări ponderate ale unei perechi de primeri (o asemănare pentru
fiecare primer) cu orice secvență unică din MISPRIMING-LIBRARY. Valoare implicită: 24.00

-numnsacceptat întreg
Numărul maxim de baze necunoscute (N) permis în orice primer.

-selfany pluti
Scorul maxim admisibil de aliniere locală la testarea unui singur primer pentru (local)
auto-complementaritatea și scorul maxim admisibil de aliniere locală la testarea pentru
complementaritatea între primerii direct și invers. Autocomplementaritatea locală este
luate pentru a prezice tendința amorselor de a se recoa între ele fără neapărat
determinând autoamorsarea în PCR. Sistemul de notare oferă 1.00 pentru complementar
baze, -0.25 pentru o potrivire a oricărei baze (sau N) cu un N, -1.00 pentru o nepotrivire și -2.00
pentru un gol. Sunt permise doar goluri dintr-o singură pereche de baze. De exemplu, alinierea 5'
ATCGNA 3' ...|| | | 3' TA-CGT 5' este permis (și dă un scor de 1.75), dar
alinierea 5' ATCCGNA 3' ...|| | | 3' TA--CGT 5' nu este luat în considerare. Scorurile sunt
nenegativ, iar un scor de 0.00 indică faptul că nu există un local rezonabil
alinierea între două oligo-uri. Valoare implicită: 8.00

-se încheie pluti
Scorul maxim admisibil de aliniere globală ancorată de 3' la testarea unui singur primer
pentru auto-complementaritate și scorul maxim admisibil de aliniere globală ancorată de 3'
atunci când se testează complementaritatea între primerii direct și invers. 3'-ancorat
Scorul de aliniere globală este luat pentru a prezice probabilitatea amorsării PCR
primer-dimeri, de exemplu 5' ATGCCCTAGCTTCCGGATG 3' .............||| |||||
..........3' AAGTCCTACATTTAGCCTAGT 5' sau 5' AGGCTATGGGCCTCGCGA 3'
...............|||||| ............3' AGCGCTCCGGGTATCGGA 5' Sistemul de punctare este ca
pentru argumentul de complementaritate maximă. În exemplele de mai sus, scorurile sunt 7.00
și respectiv 6.00. Scorurile sunt nenegative, iar un scor de 0.00 indică acest lucru
nu există o aliniere globală rezonabilă 3'-ancoră între două oligo-uri. Pentru a
estimați aliniamente globale ancorate 3’ pentru primeri și perechi de primeri candidați, Primer
presupune că secvența din care să se aleagă primerii este prezentată de la 5’ la 3’. Este
lipsit de sens să furnizeze o valoare mai mare pentru acest parametru decât pentru Maxim (local)
Parametru de complementaritate deoarece scorul unei alinieri locale va fi întotdeauna la
cel puțin la fel de mare ca scorul unei alinieri globale. Valoare implicită: 3.00

Grund penalizare greutăți
-maxendstability pluti
Stabilitatea maximă pentru cele cinci baze 3' ale unui primer sau invers. Mai mare
numerele înseamnă capete de 3' mai stabile. Valoarea este delta G maximă pentru duplex
perturbare pentru cele cinci baze 3' calculate folosind parametrii vecinului cel mai apropiat
publicat în Breslauer, Frank, Bloecker și Marky, Proc. Natl. Acad. Sci. SUA, vol. 83,
pp 3746-3750. EPrimer3 folosește o valoare implicită complet permisivă pentru înapoi
compatibilitate (pe care o putem schimba în următoarea ediție). Rychlik recomandă un maxim
valoare de 9 (Wojciech Rychlik, „Select of Primers for Polymerase Chain Reaction” în
BA White, Ed., „Metode în biologie moleculară, voi. 15: Protocoale PCR: Metode curente
and Applications', 1993, pp. 31-40, Humana Press, Totowa NJ). Valoare implicită: 9.0

producție secțiune
-outfile outfile

Utilizați eprimer3e online folosind serviciile onworks.net