Aceasta este comanda fastq-multx care poate fi rulată în furnizorul de găzduire gratuit OnWorks folosind una dintre multiplele noastre stații de lucru online gratuite, cum ar fi Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online Windows sau emulator online MAC OS
PROGRAM:
NUME
fastq-multx - ea-utils: înlocuiți % cu id-ul codului de bare din fișierul codurilor de bare
REZUMAT
fastq-multx [-g|-l|-B] -o r1.%.fq [mate.fq -o r2.%.fq] ...
DESCRIERE
fastq-multx: opțiune nevalidă -- „h” Opțiune necunoscută „-h”.
Versiune: 1.02.684
Fișierele de ieșire trebuie să conțină semnul „%”, care este înlocuit cu id-ul codului de bare din codurile de bare
fişier. Fișierul de ieșire poate fi n/a pentru a elimina datele corespunzătoare (utilizați acest lucru pentru codul de bare
citit)
Fișier coduri de bare (-B) arata asa:
...
Implicit este să ghiciți -castron or -eol bazat pe statistici clare.
If -g este folosit, atunci parametrul său este o bandă index, iar secvențele care apar frecvent sunt
folosit.
If -l este folosit, apoi se încearcă toate codurile de bare din fișier, iar *grupul* cu *cel mai*
se alege meciurile.
Fișier cu coduri de bare grupate (-l or -L) arata asa:
...
Citirile asociate, dacă sunt furnizate, sunt păstrate sincronizate
OPŢIUNI
-o FIL1 Fișiere de ieșire (unul pentru fiecare intrare, necesar) -g SEQFIL Determinați codurile de bare din
citit indexat SEQFIL -l BCFIL Determinați codurile de bare din orice citire, folosind BCFIL ca master
listă -L BCFIL Determinați codurile de bare din , folosind BCFIL ca listă principală -B BCFIL
Utilizați coduri de bare din fișierul specificat, nu rulați un pas de determinare -b Forţarea
începutul rândului (5') pentru potrivirea codurilor de bare -e Forțați sfârșitul de linie (3’) pentru codul bat
potrivire -t NUM Împărțiți pragul pentru auto-determinare cu factorul NUM (1), > 1 = mai mult
sensibil -G NAME Folosiți grupuri care se potrivesc numai cu NAME -x Nu tăiați codurile de bare
înainte de a scrie destinația -n Nu executați, imprimați doar lista de coduri de bare probabile
-v C Verificați dacă id-ul asociat se potrivește cu caracterul C (Folosiți „ ” pentru iluminare) -m N
Permiteți până la N nepotriviri, atâta timp cât sunt unice (1) -d N Necesită un minim
distanța de N între cel mai bun și cel mai bun următor (2) -q N Necesită un phred minim
calitatea N pentru a accepta o bază de cod de bare (0)
Utilizați fastq-multx online folosind serviciile onworks.net