Aceasta este comanda gaeval care poate fi rulată în furnizorul de găzduire gratuit OnWorks folosind una dintre multiplele noastre stații de lucru online gratuite, cum ar fi Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online Windows sau emulator online MAC OS
PROGRAM:
NUME
gaeval - calculați scorurile de acoperire și de intergritate pentru modelele de gene pe baza transcripției
aliniamente
REZUMAT
gaeval [Opțiuni] aliniamente.gff3 genele.gff3 [moregenes.gff3 ...]
DESCRIERE
Opțiuni de bază:
-h|--ajutor
imprimați acest mesaj de ajutor și ieșiți
-v|--versiunea
imprimați numărul versiunii și ieșiți
Greutăți pentru calcularea scorului de integritate (trebuie să adună până la 1.0):
-a|--alfa: DUBLĂ
introni confirmați sau % lungime CDS așteptată pentru genele cu un singur exon; implicit este 0.6
-b|--beta: DUBLĂ
acoperire exon; implicit este 0.3
-g|--gama: DUBLĂ
% lungime estimată 5' UTR; implicit este 0.05
-e|--epsilon: DUBLĂ
% lungime estimată 3' UTR; implicit este 0.05
Lungimi așteptate ale caracteristicilor pentru calcularea scorului de integritate:
-c|--exp-cds: INT
lungimea CDS estimată (în bp); implicit este 400
-5|--exp-5putr: INT
lungime estimată 5' UTR; implicit este 200
-3|--exp-3putr: INT
lungime estimată 3' UTR; implicit este 100
Utilizați gaeval online folosind serviciile onworks.net
