gmx-current - Online în cloud

PROGRAM:

NUME

gmx-current - Calculați constantele dielectrice și funcția de autocorelare curentă

REZUMAT

curent gmx [-s [<.tpr/.gro/...>]] [-n [<.ndx>]] [-f [<.xtc/.trr/...>]]
[-o [<.xvg>]] [-caf [<.xvg>]] [-dsp [<.xvg>]]
[-md [<.xvg>]] [-mj [<.xvg>]] [-mc [<.xvg>]] [-b ]
[-e ] [-dt ] [-[acum] [-xvg ]
[-SH ] [-[nu]nojump] [-eps ] [-bfit ]
[-efit ] [-bvit ] [-evit ] [-tr ]
[-temp ]

DESCRIERE

GMX curent este un instrument pentru calcularea funcției curente de autocorelare, the
corelarea momentului dipol de rotație și translație al sistemului și
rezultând constanta dielectrică statică. Pentru a obține un rezultat rezonabil, grupul index are
a fi neutru. În plus, rutina este capabilă să extragă conductibilitatea statică
din funcția de autocorelare curentă, dacă sunt date viteze. În plus, un
Potrivirea Einstein-Helfand poate fi utilizată pentru a obține conductivitatea statică.

Steagul -caf este pentru ieșirea funcției de autocorelare curentă și -mc scrie
corelarea părții de rotație și translație a momentului dipolar în
fisierul corespunzator. Totuși, această opțiune este disponibilă numai pentru traiectorii care conțin
viteze. Opțiuni -SH și -tr sunt responsabili pentru medierea și integrarea
funcții de autocorelare. Deoarece medierea se realizează prin deplasarea punctului de plecare
traiectoria, deplasarea poate fi modificată cu -SH pentru a permite alegerea necorelate
puncte de plecare. Spre final, inexactitatea statistică crește și integrând
funcția de corelare dă numai valori sigure până la un anumit punct, în funcție de
numărul de cadre. Optiunea -tr controlează regiunea integralei luate în considerare
pentru calcularea constantei dielectrice statice.

Opțiune -temp stabilește temperatura necesară pentru calculul dielectricului static
constantă.

Opțiune -eps controlează constanta dielectrică a mediului înconjurător pentru simulări
folosind un câmp de reacție sau corecții dipol ale însumării Ewald (-eps=0 corespunde
condițiile la limită staniu-folie).

-[nu]nojump desface coordonatele pentru a permite difuzia liberă. Acest lucru este necesar pentru a obține un
moment dipol translațional continuu, necesar pentru potrivirea Einstein-Helfand. Rezultatele
din potrivire permit determinarea constantei dielectrice pentru sistemul de încărcare
molecule. Cu toate acestea, este, de asemenea, posibil să se extragă constanta dielectrică din
fluctuații ale momentului dipol total în coordonate pliate. Dar această opțiune trebuie să fie
folosit cu grijă, deoarece doar intervale de timp foarte scurte îndeplinesc aproximarea că
densitatea moleculelor este aproximativ constantă și mediile sunt deja convergente.
Pentru a fi în siguranță, constanta dielectrică ar trebui calculată cu ajutorul
Metoda Einstein-Helfand pentru partea de translație a constantei dielectrice.

OPŢIUNI

Opțiuni pentru specificarea fișierelor de intrare:

-s [<.tpr/.gro/...>] (topol.tpr)
Structură+masă (db): TPR mare g96 pdb brk ent

-n [<.ndx>] (index.ndx) (Opțional)
Fișier index

-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
Traiectorie: extaz trr cpt mare g96 pdb TNG

Opțiuni pentru specificarea fișierelor de ieșire:

-o [<.xvg>] (current.xvg)
fișier xvgr/xmgr

-caf [<.xvg>] (caf.xvg) (Opțional)
fișier xvgr/xmgr

-dsp [<.xvg>] (dsp.xvg)
fișier xvgr/xmgr

-md [<.xvg>] (md.xvg)
fișier xvgr/xmgr

-mj [<.xvg>] (mj.xvg)
fișier xvgr/xmgr

-mc [<.xvg>] (mc.xvg) (Opțional)
fișier xvgr/xmgr

Alte opțiuni:

-b (0)
Primul cadru (ps) de citit din traiectorie

-e (0)
Ultimul cadru (ps) de citit din traiectorie

-dt (0)
Folosiți cadrul numai când t MOD dt = prima dată (ps)

-[acum (Nu)
Vedeți rezultatul .xvg, .xpm, .eps și .pdb fișiere

-xvg
Formatare diagramă xvg: xmgrace, xmgr, niciunul

-SH (1000)
Deplasarea cadrelor de mediere a funcțiilor de corelație și a pătratului mediu
deplasare.

-[nu]nojump (da)
Îndepărtează salturile de atomi peste cutie.

-eps (0)
Constanta dielectrica a mediului inconjurator. Ii corespunde valoarea zero
infinit (condiții la limită staniu-folie).

-bfit (100)
Începutul potrivirii liniei drepte la MSD a fracției de translație a
momentul dipol.

-efit (400)
Sfârșitul potrivirii liniei drepte la MSD a fracției de translație a
moment dipol.

-bvit (0.5)
Începutul potrivirii funcției curente de autocorelare la a*t^b.

-evit (5)
Sfârșitul potrivirii funcției curente de autocorelare la a*t^b.

-tr (0.25)
Fracția de traiectorie luată în considerare pentru integrală.

-temp (300)
Temperatura pentru calcularea epsilonului.

Utilizați gmx-current online folosind serviciile onworks.net