gmx-gangle - Online în cloud

PROGRAM:

NUME

gmx-gangle - Calculați unghiuri

REZUMAT

gmx gangle [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr/.gro/...>]] [-n [<.ndx>]]
[-oav [<.xvg>]] [-oall [<.xvg>]] [-Oh [<.xvg>]]
[-b ] [-e ] [-dt ] [-tu ]
[-xvg ] [-[nu]rmpbc] [-[nu]pbc] [-sf ]
[-selrpos ] [-seltip ] [-g1 ]
[-g2 ] [-binw ] [-Grupa 1 ]
[-Grupa 2 ]

DESCRIERE

GMX gangul calculează diferite tipuri de unghiuri între vectori. Acceptă ambii vectori
definite de două poziții și normale ale planurilor definite de trei poziții. Axa z sau
normala locală a unei sfere poate fi folosită și ca unul dintre vectori. Există, de asemenea
opțiuni de confort „unghi” și „diedru” pentru calcularea unghiurilor de legătură și a diedrelor
definit de trei/patru pozitii.

Tipul unghiului este specificat cu -g1 si -g2. Dacă -g1 is unghi or diedru, -g2
nu trebuie specificat. În acest caz, -Grupa 1 ar trebui să specifice una sau mai multe selecții și
fiecare ar trebui să conțină triplete sau cvartete de poziții care definesc unghiurile care urmează să fie
calculat.

If -g1 is vector or plan, -Grupa 1 ar trebui să specifice selecțiile care conțin ambele perechi
(vector) sau tripleți (plan) de posturi. Pentru vectori, pozițiile stabilesc punctele finale ale
vectorul, iar pentru plane, cele trei poziții sunt folosite pentru a calcula normala lui
avion. În ambele cazuri, -g2 specifică celălalt vector de utilizat (vezi mai jos).

cu -g2 vector or -g2 plan, -Grupa 2 ar trebui să specifice un alt set de vectori. -Grupa 1 si
-Grupa 2 ar trebui să specifice același număr de selecții. De asemenea, este permis să aveți doar un
o singură selecție pentru una dintre opțiuni, caz în care se folosește aceeași selecție cu
fiecare selecție în celălalt grup. În mod similar, pentru fiecare selecție în -Grupa 1,
selecția corespunzătoare în -Grupa 2 ar trebui să specifice același număr de vectori sau un singur
vector. În acest din urmă caz, unghiul este calculat între acel singur vector și fiecare
vector din cealaltă selecție.

cu -g2 sphnorm, fiecare selecție în -Grupa 2 ar trebui să specifice o singură poziție care este
centrul sferei. Al doilea vector este calculat ca vector de la centru la
punctul de mijloc al pozițiilor specificate de -Grupa 1.

cu -g2 z, -Grupa 2 nu este necesar, iar unghiurile dintre primii vectori și
se calculează axa Z pozitivă.

cu -g2 t0, -Grupa 2 nu este necesar, iar unghiurile sunt calculate din vectori pe măsură ce ei
sunt în primul cadru.

Există trei opțiuni pentru ieșire: -oav scrie un fișier xvg cu ora și media
unghi pentru fiecare cadru. -oall scrie toate unghiurile individuale. -Oh scrie o histogramă a
unghiurile. Lățimea recipientului poate fi setată cu -binw. Pentru -oav si -Oh, separat
medie/histograma este calculată pentru fiecare selecție în -Grupa 1.

OPŢIUNI

Opțiuni pentru specificarea fișierelor de intrare:

-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc) (Opțional)
Traiectorie de intrare sau configurație unică: extaz trr cpt mare g96 pdb TNG

-s [<.tpr/.gro/...>] (topol.tpr) (Opțional)
Structura de intrare: TPR mare g96 pdb brk ent

-n [<.ndx>] (index.ndx) (Opțional)
Grupuri de index suplimentare

Opțiuni pentru specificarea fișierelor de ieșire:

-oav [<.xvg>] (angaver.xvg) (Opțional)
Unghiurile medii în funcție de timp

-oall [<.xvg>] (angles.xvg) (Opțional)
Toate unghiurile în funcție de timp

-Oh [<.xvg>] (anghist.xvg) (Opțional)
Histograma unghiurilor

Alte opțiuni:

-b (0)
Primul cadru (ps) de citit din traiectorie

-e (0)
Ultimul cadru (ps) de citit din traiectorie

-dt (0)
Folosiți cadrul numai dacă t MOD dt == prima dată (ps)

-tu (ps)
Unitate pentru valorile timpului: fs, ps, ns, us, ms, s

-xvg (xmgrace)
Formatare diagramă: niciunul, xmgrace, xmgr

-[nu]rmpbc (da)
Faceți molecule întregi pentru fiecare cadru

-[nu]pbc (da)
Utilizați condiții periodice la limită pentru calculul distanței

-sf
Furnizați selecții din fișiere

-selrpos (atom)
Poziții de referință ale selecției: atom, res_com, res_cog, mol_com, mol_cog,
whole_res_com, whole_res_cog, whole_mol_com, whole_mol_cog, part_res_com,
part_res_cog, part_mol_com, part_mol_cog, dyn_res_com, dyn_res_cog, dyn_mol_com,
dyn_mol_cog

-seltip (atom)
Poziții implicite de ieșire de selecție: atom, res_com, res_cog, mol_com, mol_cog,
whole_res_com, whole_res_cog, whole_mol_com, whole_mol_cog, part_res_com,
part_res_cog, part_mol_com, part_mol_cog, dyn_res_com, dyn_res_cog, dyn_mol_com,
dyn_mol_cog

-g1 (unghi)
Tipul analizei/primul grup de vectori: unghi, diedru, vector, plan

-g2 (Nici unul)
Tipul celui de-al doilea grup de vectori: nici unul, vector, plan, t0, z, sphnorm

-binw (1)
Binwidth pentru -oh în grade

-Grupa 1
Prima analiză/selectare vector

-Grupa 2
A doua analiză/selectare vector

Utilizați gmx-gangle online folosind serviciile onworks.net