gmx-rms - Online în cloud

PROGRAM:

NUME

gmx-rms - Calculați RMSD-uri cu o structură de referință și matrice RMSD

REZUMAT

gmx rms [-s [<.tpr/.gro/...>]] [-f [<.xtc/.trr/...>]]
[-f2 [<.xtc/.trr/...>]] [-n [<.ndx>]] [-o [<.xvg>]]
[-mir [<.xvg>]] [-a [<.xvg>]] [-dist [<.xvg>]] [-m [<.xpm>]]
[-cos [<.dat>]] [-bm [<.xpm>]] [-b ] [-e ]
[-dt ] [-tu ] [-[acum] [-xvg ]
[-ce ] [-[nu]pbc] [-potrivi ] [-prev ]
[-[nu]divizat] [-ocolire ] [-sări 2 ] [-max ]
[- min ] [-bmax ] [-bmin ] [-[nu]mw]
[-nleveluri ] [-ng ]

DESCRIERE

GMX rms compară două structuri calculând deviația pătratică medie (RMSD), the
parametru de similitudine rho independent de dimensiune (rho) sau rho scalat (rhosc), vezi Maiorov &
Crippen, Proteine 22, 273 (1995). Acesta este selectat de -ce.

Fiecare structură dintr-o traiectorie (-f) este comparată cu o structură de referință. Referinta
structura este preluată din fișierul de structură (-s).

Cu opțiunea -mir de asemenea o comparaţie cu imaginea în oglindă a structurii de referinţă este
calculat. Acesta este util ca referință pentru valori „semnificative”, vezi Maiorov &
Crippen, Proteine 22, 273 (1995).

Opțiune -prev produce compararea cu un cadru anterior numărul specificat de cadre
în urmă.

Opțiune -m produce o matrice în .xpm formatul valorilor de comparație ale fiecărei structuri din
traiectorie față de cealaltă structură. Acest fișier poate fi vizualizat cu for
instanță xv și poate fi convertit în postscript cu GMX xpm2ps.

Opțiune -potrivi controlează montarea celor mai mici pătrate a structurilor una peste alta:
potrivire completă (rotație și translație), numai translație sau nicio potrivire.

Opțiune -mw controlează dacă se face sau nu ponderarea masei. Dacă selectați opțiunea
(implicit) și furnizați un valid .TPR mase de fișiere vor fi luate de acolo, în caz contrar
masele vor fi deduse din atommass.dat fișier în GMXLIB. Este bine pentru proteine,
dar nu neapărat pentru alte molecule. Este atribuită o masă implicită de 12.011 amu (carbon).
la atomi necunoscuţi. Puteți verifica dacă acest lucru s-a întâmplat pornind - depanare steag şi
inspectând fișierul jurnal.

cu -f2, „celelalte structuri” sunt preluate dintr-o a doua traiectorie, aceasta generează a
matrice de comparație a unei traiectorii față de cealaltă.

Opțiune -cos face un dump binar al matricei de comparație.

Opțiune -bm produce o matrice de abateri medii ale unghiului de legătură în mod analog cu -m
opțiune. Sunt luate în considerare numai legăturile dintre atomi din grupul de comparație.

OPŢIUNI

Opțiuni pentru specificarea fișierelor de intrare:

-s [<.tpr/.gro/...>] (topol.tpr)
Structură+masă (db): TPR mare g96 pdb brk ent

-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
Traiectorie: extaz trr cpt mare g96 pdb TNG

-f2 [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc) (Opțional)
Traiectorie: extaz trr cpt mare g96 pdb TNG

-n [<.ndx>] (index.ndx) (Opțional)
Fișier index

Opțiuni pentru specificarea fișierelor de ieșire:

-o [<.xvg>] (rmsd.xvg)
fișier xvgr/xmgr

-mir [<.xvg>] (rmsdmir.xvg) (Opțional)
fișier xvgr/xmgr

-a [<.xvg>] (avgrp.xvg) (Opțional)
fișier xvgr/xmgr

-dist [<.xvg>] (rmsd-dist.xvg) (Opțional)
fișier xvgr/xmgr

-m [<.xpm>] (rmsd.xpm) (Opțional)
Fișier matrice compatibil X PixMap

-cos [<.dat>] (rmsd.dat) (Opțional)
Fișier de date generice

-bm [<.xpm>] (bond.xpm) (Opțional)
Fișier matrice compatibil X PixMap

Alte opțiuni:

-b (0)
Primul cadru (ps) de citit din traiectorie

-e (0)
Ultimul cadru (ps) de citit din traiectorie

-dt (0)
Folosiți cadrul numai când t MOD dt = prima dată (ps)

-tu (ps)
Unitate pentru valorile timpului: fs, ps, ns, us, ms, s

-[acum (Nu)
Vedeți rezultatul .xvg, .xpm, .eps si .pdb fișiere

-xvg
Formatare diagramă xvg: xmgrace, xmgr, niciunul

-ce (rmsd)
Măsura diferențelor structurale: rmsd, rho, rhosc

-[nu]pbc (da)
Verificare PBC

-potrivi (putregai+trans)
Potrivire la structura de referință: rot+trans, translație, niciuna

-prev (0)
Comparați cu cadrul precedent

-[nu]divizat (Nu)
Graficul împărțit unde timpul este zero

-ocolire (1)
Scrieți numai fiecare nr-al-lea cadru în matrice

-sări 2 (1)
Scrieți numai fiecare nr-al-lea cadru în matrice

-max (-1)
Nivel maxim în matricea de comparație

- min (-1)
Nivel minim în matricea de comparație

-bmax (-1)
Nivel maxim în matricea unghiului de legătură

-bmin (-1)
Nivel minim în matricea unghiului de legătură

-[nu]mw (da)
Utilizați ponderarea masei pentru suprapunere

-nleveluri (80)
Numărul de niveluri din matrice

-ng (1)
Numărul de grupuri pentru a calcula RMS

Utilizați gmx-rms online folosind serviciile onworks.net