gmx-vanhove - Online în cloud

PROGRAM:

NUME

gmx-vanhove - Calculează funcțiile de deplasare și corelație Van Hove

REZUMAT

gmx vanhove [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr/.gro/...>]] [-n [<.ndx>]]
[-om [<.xpm>]] [-Sau [<.xvg>]] [-bine [<.xvg>]] [-b ]
[-e ] [-dt ] [-[acum] [-xvg ]
[- sqrt ] [-fm ] [-rmax ] [-rbin ]
[-mmax ] [-nleveluri ] [- nr ] [-fr ]
[-rt ] [-ft ]

DESCRIERE

GMX vanhove calculează funcția de corelație Van Hove. Van Hove G(r,t) este
probabilitatea ca o particulă care este la r_0 la momentul zero să poată fi găsită la poziția r_0+r la
timpul t. GMX vanhove determină G nu pentru un vector r, ci pentru lungimea lui r. Asa e
dă probabilitatea ca o particulă să se deplaseze pe o distanță de r în timpul t. Sari peste
limitele periodice sunt eliminate. Se fac corecții pentru scalare din cauza izotropelor sau
cuplaj de presiune anizotrop.

Cu opțiunea -om întreaga matrice poate fi scrisă în funcție de t și r sau ca funcție
de sqrt(t) și r (opțiune - sqrt).

Cu opțiunea -Sau funcția Van Hove este reprezentată grafic pentru una sau mai multe valori ale lui t. Opțiune - nr
setează numărul de ori, opțiunea -fr spațierea numerelor dintre timpi. Lățimea binului
este setat cu opțiune -rbin. Numărul de containere este determinat automat.

Cu opțiunea -bine integrala până la o anumită distanță (opțiune -rt) este reprezentat ca a
functie de timp.

Pentru toate cadrele care sunt citite sunt stocate coordonatele particulelor selectate
memorie. Prin urmare, programul poate folosi multă memorie. Pentru optiuni -om si -bine il
programul poate fi lent. Acest lucru se datorează faptului că calculul crește ca număr de cadre ori
-fm or -ft. Rețineți că cu -dt opțiunea poate fi utilizarea memoriei și timpul de calcul
redusă.

OPŢIUNI

Opțiuni pentru specificarea fișierelor de intrare:

-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
Traiectorie: extaz trr cpt mare g96 pdb TNG

-s [<.tpr/.gro/...>] (topol.tpr)
Structură+masă (db): TPR mare g96 pdb brk ent

-n [<.ndx>] (index.ndx) (Opțional)
Fișier index

Opțiuni pentru specificarea fișierelor de ieșire:

-om [<.xpm>] (vanhove.xpm) (Opțional)
Fișier matrice compatibil X PixMap

-Sau [<.xvg>] (vanhove_r.xvg) (Opțional)
fișier xvgr/xmgr

-bine [<.xvg>] (vanhove_t.xvg) (Opțional)
fișier xvgr/xmgr

Alte opțiuni:

-b (0)
Primul cadru (ps) de citit din traiectorie

-e (0)
Ultimul cadru (ps) de citit din traiectorie

-dt (0)
Folosiți cadrul numai când t MOD dt = prima dată (ps)

-[acum (Nu)
Vedeți rezultatul .xvg, .xpm, .eps si .pdb fișiere

-xvg
Formatare diagramă xvg: xmgrace, xmgr, niciunul

- sqrt (0)
Folosiți sqrt(t) pe axa matricei care binspacing # în sqrt(ps)

-fm (0)
Numărul de cadre din matrice, 0 reprezintă graficul total

-rmax (2)
r maxim în matrice (nm)

-rbin (0.01)
Binwidth în matrice și pentru -Sau (m)

-mmax (0)
Densitatea maximă în matrice, se calculează 0 (1/nm)

-nleveluri (81)
Numărul de niveluri din matrice

- nr (1)
Numărul de curbe pentru -Sau producție

-fr (0)
Distanța dintre cadre pentru -Sau producție

-rt (0)
Limita de integrare pentru -bine ieșire (nm)

-ft (0)
Numărul de cadre în -bine ieșire, 0 este reprezentat de toate

Utilizați gmx-vanhove online folosind serviciile onworks.net