gt-extractseq - Online în cloud

PROGRAM:

NUME

gt-extractseq - Extrage secvențe din fișierele de secvență date sau din fastaindex.

REZUMAT

gt extractseq [opțiune...] [fișier(e) de_secvență] | fastaindex

DESCRIERE

-frompos [valoare]
extrage secvența din această poziție numărând de la 1 (implicit: 0)

-topos [valoare]
extrage secvența până la această poziție numărând de la 1 (implicit: 0)

-Meci [şir]
extrageți toate secvențele a căror descriere se potrivește cu modelul dat. Modelul dat
trebuie să fie o expresie regulată extinsă validă. (implicit: nedefinit)

- chei [nume de fișier]
extrageți subșiruri pentru cheile din fișierul specificat (implicit: nedefinit)

-lăţime [valoare]
setați lățimea de ieșire pentru tipărirea secvenței FASTA (0 dezactivează formatarea) (implicit: 0)

-o [nume de fișier]
redirecționează rezultatul către fișierul specificat (implicit: nedefinit)

-gzip [da|nu]
scrieți fișierul de ieșire comprimat gzip (implicit: nu)

-bzip2 [da|nu]
scrieți fișierul de ieșire comprimat bzip2 (implicit: nu)

-forta [da|nu]
forțați scrierea în fișierul de ieșire (implicit: nu)

-Ajutor
afișați ajutor și ieșiți

-versiune
afișați informații despre versiune și ieșiți

Opțiunea -keys permite extragerea subșirurilor sau secvențelor din secvența dată
fișier sau dintr-un index fasta. Subșirurile de extras sunt specificate într-un fișier cheie
dat drept argument la această opţiune. Fișierul cheie trebuie să conțină linii din formular

k

or

kij

unde k este un șir (cheia) și opționalele i și j sunt numere întregi pozitive astfel încât
i⇐j. k este cheia, iar numerele opționale i și j specifică prima poziție a
subșir și ultima poziție a subșirului de extras. Pozițiile sunt
numărat de la 1. Dacă k este identic cu șirul dintre primul și al doilea
apariția simbolului | într-un antet fasta, apoi antetul fasta și cel corespunzător
este scoasă secvența. De exemplu, în antetul fasta

>tr|A0AQI4|A0AQI4_9ARCH Monooxigenază de amoniac presupusă (Fragment)

cheia fasta este A0AQI4. Dacă i și j sunt ambele specificate, atunci subșirul corespunzător
este afișat în format fasta. În acest din urmă caz, antetul secvenței formatate fasta în
ieșirea începe cu

>kij

urmat de antetul original fasta.

Dacă intrarea secvenței sunt fișiere fasta, atunci este valabil următoarele:

· liniile duplicate în fișierul de intrare conduc la o singură secvență în ieșire

· secvențele sunt scoase în funcție de ordinea în fișierele de secvențe originale

· formatarea ieșirii poate fi controlată de opțiuni -lăţime, -o, -gzip și
-bzip2

Dacă intrarea secvenței provine dintr-un index fasta (vezi mai jos), se aplică următoarele:

· opțiune -lăţime este necesară

· opțiune -o, -gzip si -bzip2 nu lucra

· secvențele sunt scoase în evidență în ordinea în care apar cheile corespunzătoare în fișierul de chei

Dacă sfârșitul listei de argumente conține un singur nume de fișier, să spunem fastaindex, atunci este
verificat dacă există un fișier fastaindex.kys. Aceasta face parte din indicele fasta, care este
construit prin apelarea instrumentului sufixator după cum urmează:

gt sufixator -protein -ssp -tis -des -sds -kys -indexname fastaindex \
-db fisier intrare1 [fișier intrare2 ..]

Aceasta citește fișierele de secvență de proteine ​​date opțiunii -db și creează mai multe fișiere:

· un fișier fastaindex.esq reprezentând secvența.

· un fișier fastaindex.ssp ​​care specifică pozițiile separatorului de secvență.

· un fișier fastaindex.des care arată anteturile fasta linie cu linie.

· un fișier fastaindex.sds care oferă pozițiile delimitatorului antetului secvenței.

· un fișier fastaindex.kys care conține cheile din fișierele fasta.

Pentru ca comanda sufixator să funcționeze, cheile de forma |key| in antetul fasta must
satisface următoarele constrângeri:

· toate trebuie să aibă aceeași lungime, să nu depășească 128 și să nu fie mai scurte de 1

· trebuie să apară în ordine lexicografică

RAPORTAREA GANDACI

Raportați erori la[e-mail protejat]>.

Utilizați gt-extractseq online folosind serviciile onworks.net