hhconsensus - Online în cloud

PROGRAM:

NUME

hhconsensus - calculați secvența de consens pentru un fișier de intrare A3M/FASTA

REZUMAT

hhconsens -i [Opțiuni]

DESCRIERE

HHconsensus versiunea 2.0.16 (ianuarie 2013) Calculați secvența de consens pentru o
Fișier de intrare A3M/FASTA. (C) Johannes Soeding, Michael Remmert, Andreas Biegert, Andreas
Hauser Remmert M, Biegert A, Hauser A și Soding J. HHblits: iterativ fulgerător
căutarea secvenței proteinelor prin alinierea HMM-HMM. Nat. Methods 9:173-175 (2011).

-i
alinierea interogării (A2M, A3M sau FASTA) sau interogarea HMM

producție opţiuni:
-s
atașați secvența de consens în FASTA (implicit= )

-o
scrieți alinierea cu secvența consens în A3M

-oa3m
acelaşi

-oa2m
scrieți alinierea cu secvența consens în A2M

-ofas
scrieți alinierea cu secvența de consens în FASTA

-v
mod verbos: 0: fără ieșire pe ecran 1: doar avertismente 2: verbos

Filtru intrare aliniere (Opțiuni poate să be combinate):
-id [0,100] identitate maximă de secvență perechi (%) (def=100)

-dif [0,inf[ filtrează cel mai divers set de secvențe, păstrând cel puțin aceasta

multe secvențe în fiecare bloc de >50 de coloane (def=0)

-cov [0,100] acoperire minimă cu interogare (%) (def=0)

-qid [0,100] identitate de secvență minimă cu interogare (%) (def=0)

-qsc [0,100] scor minim pe coloană cu interogare (def=-20.0)

Intrare aliniere format:
-M a2m folosește A2M/A3M (implicit): majuscule = Potrivire; minuscule = Inserare; '-' = Șterge; '.' =
goluri aliniate la inserții (pot fi omise)

-M primul
utilizați FASTA: coloanele cu reziduuri în prima secvență sunt stări de potrivire

-M [0,100]
utilizați FASTA: coloanele cu mai puțin de X% lacune sunt stări de potrivire

Altele opţiuni:
-adaugă adăugați informații despre structura secundară prezise de la PSIPRED

Exemplu: hhconsensus -i stdin -s stdout

Utilizați hhconsensus online folosind serviciile onworks.net