parseblast - Online în cloud

PROGRAM:

NUME

parseblast - Filtrarea perechilor de segmente cu scoruri ridicate (HSP) de la WU/NCBI BLAST.

REZUMAT

parseblast [Opțiuni]

DESCRIERE

Această pagină de manual documentează pe scurt parseblast comanda.

Sunt disponibile diferite opțiuni de ieșire, cele mai importante aici sunt cele care permit
scrieți HSP-uri în format GFF (GFFv1, GFFv2 sau APLOT). Secvențele pot fi incluse în GFF
înregistrează ca câmp de comentariu. În plus, acest script poate scoate și aliniamentele pentru
fiecare HSP în ALN, MSF sau formate tabulare.

NOTĂ - Dacă prima linie de la ieșirea programului de sablare (cea care conține aromă a fost
rulați, spuneți aici BLASTN, BLASTP, BLASTX, TBLASTN sau TBLASTX), lipsește, programul presupune
că conține înregistrări BLASTN HSP. Deci, asigurați-vă că alimentați scriptul parseblast
cu un fișier BLAST bine formatat. Uneori nu există spații între coordonatele HSP și
secvența sa, așa cum se întâmplă uneori în ieșirile Web-Blast sau Paracel-Blast. Acum acelea
înregistrările sunt procesate ok și acel HSP este preluat la fel ca și cele „standard”.

AVERTISMENT - Câmpurile cadru din înregistrările GFF generate cu parseblast conțin cadru BLAST
(".","1","2","3") în loc de valorile standard GFF (".","0","1","2"). Ca cadru pentru
firul invers trebuie recalculat de la lungimea secvenței inițiale, le sugerăm utilizatorilor să facă
post-procesează rezultatul GFF din acest script cu un filtru adecvat care fixează cadrele
(în cazul în care programul care va folosi înregistrările GFF nu va funcționa cu
rame originale BLAST). Oferim opțiunea de linie de comandă „--no-frame” pentru a seta cadre
"." (adică nu există cadru).

OPŢIUNI

parseblast imprimă rezultatul în format „HSP” în mod implicit (vezi mai jos). Preia input de la
sau fișiere unice/multiple și își scrie rezultatul în , astfel încât utilizatorul să poată redirecționa
la un fișier, dar ar putea folosi programul ca filtru într-o conductă. „-N”, „-M”, „-P”,
Opțiunile „-G”, „-F”, „-A” și „-X” (de asemenea, versiunile de nume lung pentru fiecare dintre ele) sunt reciproc
exclusiv, iar ordinea lor de prioritate este prezentată mai sus.

GFF OPȚIUNI:

-G, --gff
Imprimă rezultate în format GFFv1.

-F, --fullgff
Imprimă rezultatul în format GFFv2 „aliniere” („țintă”).

-A, --un complot
Imprimă rezultatul în format pseudo-GFF APLOT „aliniere”.

-S, --subiect
Se proiectează ieșirea GFF de SUBJECT (implicit de QUERY).

-Q, --secvenţă
Adăugați secvențele de interogare și subiect la înregistrarea GFF.

-b, --bit-score
A stabilit câmp la Biți (Scor de aliniere implicit).

-eu, --identitate-scor
A stabilit câmp la Identități (aliniere implicită).

-da, --scoruri complete
Includeți toate scorurile pentru fiecare HSP în fiecare înregistrare GFF.

-u, --fara-cadru
Setați toate cadrele la „.” (GFF pentru cadrele care nu sunt disponibile).

-t, --etichete-compacte
Coordonate țintă+filă+cadru în formă scurtă (NU GFFv2!).

ALINIERE OPȚIUNI:

-P, --pe pereche
Imprimă alinierea perechi pentru fiecare HSP în format TBL.

-M, --msf
Imprimă alinierea perechi pentru fiecare HSP în format MSF.

-N, --aln
Imprimă alinierea perechi pentru fiecare HSP în format ALN.

-W, --arata-coord
Adaugă poziții de început/sfârșit la ieșirea de aliniere.

GENERAL OPȚIUNI:

-X, --extindet
Ieșire extinsă (produce înregistrări de ieșire pe mai multe linii).

-c, --comentarii
Includeți parametrii din programul de explozie ca comentarii.

-n, --fara comentarii
Nu tipăriți linii „#” (ieșire brută fără comentarii).

-v, --verbos
Avertismente trimise către .

--versiune
Imprimă versiunea programului și iese.

-h, --Ajutor
Afișează acest ajutor și iese.

REZULTATE FORMATE:

„S_” înseamnă „Subject_Sequence” și „Q_” pentru „Query_Sequence”. numele este luat
din fișierul exploziei de intrare. sunt calculate din și pozitii pe
dosar original de explozie. se obține din fișierul de explozie dacă este prezent, altfel este setat la
„.”. este setat implicit la Scorul de aliniere, îl puteți modifica cu „-b” și „-i”.
Dacă sunt date opțiunile „-S” sau „--subject”, atunci câmpurile QUERY sunt referite la SUBJECT și
Câmpurile SUBJECT sunt relative la QUERY (acest lucru disponibil numai pentru înregistrările de ieșire GFF).
Punctele ("...") înseamnă că descrierea înregistrării continuă în rândul următor, dar așa
înregistrarea este tipărită ca înregistrare pe o singură linie prin parseblast.

[HSP] <- (Acest is il DEFAULT REZULTATE FORMAT)
:...
... ...
... :...
... :...
... :

[GFF]
hsp

[DEPLIN GFF] <- (GFF arătând aliniere date)
hsp ...
... țintă " " ...
... E_valoare Strand Cadru

[UN COMPLOT] <- (GFF format sporită pentru UN COMPLOT program)
: hsp : : ...
... : : : ...
... # E_value

[EXPANDAT]
MECI( ): X
SCOR( ):
BITSC( ):
EXPEC( ): Psum( )
IDENT( ): / : %
T_GAP( ):
CADRU( ): /
STRND( ): /
MXLEN( ):
INTEROARE( ): lungime : goluri :...
... : : :
SBJCT( ): lungime : goluri :...
... : : :

Utilizați parseblast online folosind serviciile onworks.net