phyutility - Online în cloud

PROGRAM:

NUME

phyutility - instrumente pentru manipularea secvențelor și filogeniilor

REZUMAT

fiutilitate

DESCRIERE

Phyutility este un program de linie de comandă care efectuează analize sau modificări simple
atât arbori cât și matrice de date.

OPŢIUNI

Pentru a obține ajutor pentru o anumită comandă, utilizați opțiunea -h

COMANDE
pentru copaci:

consens
Calculați arbori de consens. Folosiți ca -con -t -în - afară
.

converti
Convertiți fișierele arbore. Utilizați ca -vert -in - afară .

leafstab
Calculul indicelui de stabilitate a frunzelor. Utilizați ca -ls -in .

linmove
Calculul mișcării filiației. Utilizați ca -lm -nume -copac
-în - afară .

prună uscată
Prunați descendența. Utilizați ca -pr -nume -în - afară .

reroot
Reînrădăcinați copacii. Utilizați ca -rr -nume -în - afară .

subțire
Copaci subțiri. Utilizați ca -tt # -in - afară .

treesupp
Suport pentru un set de copaci. Utilizați ca -ts -tree -în - afară .

pentru secvențe:

curat
Tăiați secvențele în funcție de prag. Utilizați ca -clean # -in - afară -aa
.

concat
Concatenează aliniamente. Utilizați ca -concat -in - afară -aa
forţa aa>.

ncbiget
Preluați secvențe de la NCBI. Pentru opțiuni, rulați phyutility -h ncbiget.

ncbisearch
Căutați NCBI. Pentru opțiuni, rulați phyutility -h ncbisearch.

analiza
Analizați rezultatele genbank. Pentru opțiuni, rulați phyutility -h parse.

EXEMPLU

phyutility -con -t 0.5 -in testall.tre -out test.con
Consens setul de arbori din testall.tre ramuri care se prăbușesc cu mai puțin de 0.5
frecvență.

phyutility -vert -in test.tre -out testvert.nex
Convertiți fișierul arbore din newick din test.tre în nexus din testvert.nex.

phyutility -concat -in test.aln test2.aln -out testall.nex
Concatenați 2 fișiere de aliniere în nexus în testall.nex.

Utilizați phyutility online folosind serviciile onworks.net