Aceasta este comanda plast care poate fi rulată în furnizorul de găzduire gratuit OnWorks folosind una dintre multiplele noastre stații de lucru online gratuite, cum ar fi Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online Windows sau emulator online MAC OS
PROGRAM:
NUME
plast - Instrument de căutare pentru aliniere a secvenței locale paralele
DESCRIERE
plast 2.3.1
- Data construirii: 2016-02-09 09:47:45 - OS: Linux-4.3.0-1-amd64 - Compiler: /usr/bin/cc
(5.3.1) - CPU gazdă: 4 nuclee disponibile
[*] denotă un argument obligatoriu.
-p [*]:
Nume program [plastp, tplastn, plastx, tplastx sau plastn]
-d [*]:
Fișier baza de date subiect
-i [*]:
Interogați fișierul bazei de date
-o : Fișier de ieșire a raportului PLAST
-e : Valoarea așteptărilor
-n : Dimensiunea cartierului care efectuează extinderea fără spații
-s : Pragul neîntrerupt declanșează o extensie mică întreruptă
-g : prag pentru extinderea cu goluri mici
-b : lăţime de bandă pentru extensie mică întreruptă
-a : Numărul de procesoare de utilizat
-G : Costul deschiderii unui gol
-E : Costul extinderii unui decalaj
-xdrop-ungap :
Valoarea de scădere X pentru alinierea negapped (în biți) (zero invocă comportamentul implicit 20
biți)
-X : Valoarea de scădere X pentru alinierea între decalaj (în biți) (zero invocă comportamentul implicit)
-Z : Valoarea de scădere X pentru alinierea finală în biți (0.0 invocă comportamentul implicit)
-index-prag :
Pragul index pentru a calcula asemănarea dintre vecin
-F : Filtrează secvența de interogare
-M : matrice de scor (BLOSUM62 sau BLOSUM50)
-suvita :
fire pentru plastn: „plus”, „minus” sau „ambele” (implicit)
-r : recompensă pentru o potrivire de nucleotide (plastn)
-q : penalizare pentru o nepotrivire a nucleotidelor (plastn)
-forțare-interogare-ordine :
Forțați ordonarea interogărilor în fișierul de ieșire.
-max-database-size :
Dimensiunea maximă permisă (în octeți) pentru o bază de date. Dacă este mai mare, baza de date este segmentată.
-max-hit-per-interogare :
Numărul maxim de accesări pe interogare. Valoarea 0 va elimina toate accesările (implicit)
-max-hsp-per-hit :
Alinieri maxime per lovitură. Valoarea 0 va elimina toate accesările (implicit)
-outfmt :
Format de ieșire: 1 pentru tabelat (implicit), 2 pentru tubulat extins, 4 pentru NCBI
Ca o explozie.
-lista-suvite :
Lista catenelor (ex: „1,2,6”) care trebuie utilizate atunci când se utilizează algo folosind nucleotide
baze de date.
-optim-codon-stop :
dimensiunea intervalului permis între ultimul caracter nevalid și următoarea oprire
singuratic
-fabrica-dispecer :
Fabrică care creează dispecer.
-statistica-fabrica :
Fabrică care creează un generator de statistici.
-indexare-fabrica :
Fabrică care creează un generator de indexare.
-fabrica-hit-ungap :
Fabrică care creează un iterator de hit-uri ungap.
-fabrica-hit-smallgap :
Fabrica care creează un iterator de hit-uri mici.
-fabrica-hit-fullgap :
Fabrică care creează un iterator de hit-uri decalaj complet.
-fabrica-hit-compozitie :
Fabrica care creează un iterator de hit-uri de compoziție.
-rezultat-decalaj-fabrica :
Fabrica care creează alinierea golurilor rezultat.
-fabrica-ungap-rezultat :
Rezultatul fabricii care creează ungap alinieri.
- despicator :
Fabrică care creează un divizor de aliniere. Șir: „normal” sau „cu bandă” (implicit)
-optim-filtru-ungap :
Optimizare care filtrează prin aliniamentele ungap.
-grafic de bare :
Afișează o bară de progres în timpul execuției.
-dimensiunea bargraph-ului :
Numărul de caractere din bargraph.
-fisier-progresie :
Descarcă într-un fișier procentul de execuție curent.
-verbos :
Afișează informații în timpul execuției algoritmului.
-statistici complete :
Statisticile algoritmului de descărcare.
-statistici :
Dump statistici generice.
-stats-fmt :
Formatul statisticilor: „raw” (implicit) sau „xml”
-stats-auto :
Crearea automată a fișierelor cu statistici
-aliniere-progres :
Descarcă într-un fișier numărul tot mai mare de aliniamente ungap/ungap în timpul algoritmului.
-resurse-progres :
Descarcă într-un fișier informații despre resurse în timpul algoritmului.
-plastrc :
Calea fișierului de configurare plast.
-xmlfilter :
Uri al unui fișier cu filtru XML.
-raport-utilizare-semințe :
Raportul de semințe care urmează să fie utilizate.
-seminte-index-filtru :
lungimea semințelor care va fi folosită pentru filtrul de indexare.
-complet-subiect-baza de date-fisier-statistici :
Calea fișierului către statisticile întregii baze de date cu subiecte
-W : dimensiunea semintelor
-h : Ajutor
Citând PLAST: Nguyen VH, Lavenier D. (2009) PLAST: instrument de căutare a alinierii locale paralele
pentru compararea bazei de date. BMC Bioinformatics, vol. 10, nr 329.
Utilizați plast online folosind serviciile onworks.net
