prettyplote - Online în cloud

PROGRAM:

NUME

prettyplot - Desenați o aliniere a secvenței cu o formatare destul de bună

REZUMAT

destul de complot -secvente seqset [-matrixfile matrice] [-reziduuri de perlina întreg]
[-resbreak întreg] [-culori boolean] [-identitatea şir]
[- asemănarea şir] [-cother şir] [-docolor boolean] [-umbră şir]
[-pereche mulțime] [-identitate întreg] [-cutie boolean] [-boxcol boolean]
[-boxuse şir] [-Yam boolean] [-maxnamelen întreg] [-număr boolean]
[-listoptions boolean] [-multitudine pluti] [-consens boolean]
[-coliziune boolean] [-alternativă listă] [-scorul emisiunii întreg]
[-portret boolean] -grafic grafic

destul de complot -Ajutor

DESCRIERE

destul de complot este un program de linie de comandă de la EMBOSS („The European Molecular Biology Open
Suita de software”). Face parte din grupul (grupurile) de comenzi „Aliniere:Multiple,Afișare”.

OPŢIUNI

Intrare secțiune
-secvente seqset

-matrixfile matrice
Acesta este fișierul matricei de scoring folosit la compararea secvențelor. Implicit este
fișierul „EBLOSUM62” (pentru proteine) sau fișierul „EDNAFULL” (pentru secvențe nucleice). Aceste
fișierele se găsesc în directorul „date” al instalării EMBOSS.

Suplimentar secțiune
-reziduuri de perlina întreg
Numărul de reziduuri care urmează să fie afișate pe fiecare linie Valoare implicită: 50

-resbreak întreg
Valoare implicită: $(residuesperline)

-culori boolean
Valoarea implicită: Y

-identitatea şir
Valoare implicită: ROȘU

- asemănarea şir
Valoare implicită: VERDE

-cother şir
Valoare implicită: NEGRU

-docolor boolean
Valoarea implicită: N

-umbră şir
Setați la BPLW pentru umbrirea normală (negru, pal, deschis, alb), deci pentru pereche = 1.5,1.0,0.5
și nuanță = Scorul BPLW Reziduuri Culoare 1.5 sau peste... NEGRU (B) 1.0 până la 1.5 ... MARO
(P) 0.5 până la 1.0 ... GRÂU (L) sub 0.5 .... ALB (W) Singurele patru litere permise
sunt BPLW, în orice ordine.

-pereche mulțime
Valoare implicită: 1.5,1.0,0.5

-identitate întreg

-cutie boolean
Valoarea implicită: Y

-boxcol boolean
Valoarea implicită: N

-boxuse şir
Valoare implicită: GREY

-Yam boolean
Valoarea implicită: Y

-maxnamelen întreg
Valoare implicită: 10

-număr boolean
Valoarea implicită: Y

-listoptions boolean
Valoarea implicită: Y

-multitudine pluti
Valoare implicită: @( $(sequences.totweight) / 2)

Consens secțiune
-consens boolean
Valoarea implicită: N

-coliziune boolean
Valoarea implicită: Y

-alternativă listă
Valorile sunt 0: verificarea coliziunii normale. (implicit) 1: Compară scorurile identice cu
scorul maxim găsit. Deci, dacă orice alt reziduu se potrivește cu scorul identic, atunci o coliziune
a apărut. 2:Dacă un alt reziduu are un scor de potrivire mai mare sau egal și
acestea nu se potrivesc, atunci a avut loc o coliziune. 3: Verifică pe toți cei care nu sunt în
consens curent.Dacă oricare dintre acestea oferă un scor maxim pentru scoruri identice sau egale
atunci a avut loc o coliziune.

-scorul emisiunii întreg
Valoare implicită: -1

-portret boolean
Valoarea implicită: N

producție secțiune
-grafic grafic

Utilizați online prettyplote folosind serviciile onworks.net