EnglezăFrancezăSpaniolă

Favicon OnWorks

profisis - Online în cloud

Rulați profisis în furnizorul de găzduire gratuit OnWorks prin Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online Windows sau emulator online MAC OS

Aceasta este comanda profisis care poate fi rulată în furnizorul de găzduire gratuit OnWorks folosind una dintre multiplele noastre stații de lucru online gratuite, cum ar fi Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online Windows sau emulator online MAC OS

PROGRAM:

NUME


profisis - situsuri de interacțiune proteină-proteină identificate din secvență

REZUMAT


profisis [OPȚIUNE]

DESCRIERE


profisis (ISIS) este o metodă bazată pe învățarea automată care identifică reziduurile care interacționează
numai din secvență. Deși metoda este dezvoltată folosind proteină-proteină tranzitorie
interfețe din complexe de structuri 3D cunoscute experimental, nu le folosește niciodată în mod explicit
Informații 3D. În schimb, combinăm caracteristicile structurale prezise cu cele evolutive
informație. Cele mai puternice predicții ale metodei au atins o acuratețe de peste 90% într-un
experiment de validare. Rezultatele noastre sugerează că, în ciuda diversităţii semnificative în
natura interacțiunilor proteină-proteină, toate împărtășesc principii de bază comune și asta
aceste principii sunt identificabile numai din secvență.

Convertire of PSI-BLAST aliniere la HSSP format
Cea mai actualizată procedură poate fi găsită la
.

1. Convertiți ieșirea BLAST într-un format de aliniere unică (SAF):
/usr/share/librg-utils-perl/blast2saf.pl fasta= maxAli=3000 eSaf=1 \
saf=

2. Convertiți formatul SAF în HSSP:
/usr/share/librg-utils-perl/copf.pl formatIn=saf formatOut=hssp \
fileOut= exeConvertSeq=convert_seq

3. Filtrați rezultatele la 80% redundanță:
/usr/share/librg-utils-perl/hssp_filter.pl red=80 fileOut=

producție format
Vezi descrierea --outformat opțiune.

REFERINȚE


Ofran, Y. şi Rost, B. (2007). ISIS: site-uri de interacțiune identificate din secvență.
bioinformatica, 23(2), e13-6.

OPŢIUNI


Parametri necesari

--fastafile
fișier care conține secvența dvs. în format fasta

--hsspfile
fișier cu date hssp pentru secvența în --fastafile

--rdbprofile
fișier cu ieșire prof pentru secvența în --fastafile

--outfile
fisier de iesire

Parametri opționali

--outformat
format de ieșire [pp|prval], implicit=pp

format pp PredictProtein:

Ieșire ::= Header_Line Binary_Out Raw_Out

Header_Line ::= '>' Header_String '\n'

Binary_Out ::= ( Horiz_Sequence '\n' Bin_Pred '\n\n' )+

Horiz_Sequence ::= Amino_Acid_One_Letter_Code{,40}

Bin_Pred ::= [P-]{,40}

„P” marchează un reziduu de legare.

Raw_Out ::= ( Amino_Acid_Number ' ' Amino_Acid_One_Letter_Code ' ' Prediction_Score '\n' )+

Prediction_Score ::= Integer_Value

Vedeți exemple de ieșiri în /usr/share/doc/profisis/examples.

prval
( 'resn resi predicted_value' )+, de ex

„1 M 25”
„2 R 36”
...

--depanare
--nodebug
Implicit: --nodebug

--succint
Ieșire succintă (imprimați valori fără încredere).

Parametrii care controlează post-procesarea - acești parametri afectează doar partea superioară a
format de ieșire „pp”.

--gap=int
implicit=20

--stretch=int
implicit=5

--crd=int
implicit=7

--crd-restriction
--nocrd-restriction
Implicit: --crd-restriction. Folosiți codul original ($crd = undef) (--crd-restriction) sau
utilizați codul nou ($cr) (--nocrd-restriction).

EXEMPLE


profisis --fastafile /usr/share/doc/profisis/examples/3A1P_A.fasta --hsspfile /usr/share/doc/profisis/examples/3A1P_A.hssp --rdbprofile /usr/share/doc/profisis/examples_A/3A1P .rdbProf --outfile /tmp/3A1P_A.profisis

MEDIUL


PROFISISCONF
Locația fișierului de configurare de utilizat, suprascriind alte fișiere de configurare

Utilizați profisis online folosind serviciile onworks.net


Servere și stații de lucru gratuite

Descărcați aplicații Windows și Linux

  • 1
    Atom
    Atom
    Atom este un editor de text care este
    modern, accesibil și complet cu funcții.
    De asemenea, este ușor de personalizat - tu
    îl poate personaliza pentru a face orice și a fi
    capabil să ...
    Descărcați Atom
  • 2
    Osu!
    Osu!
    Osu! este un simplu joc de ritm cu o fântână
    curbă de învățare gândită pentru jucători
    de toate nivelurile de calificare. Unul dintre cei mari
    aspecte ale lui Osu! este că este
    comunitate-dr...
    Descărcați Osu!
  • 3
    LIBPNG: bibliotecă de referință PNG
    LIBPNG: bibliotecă de referință PNG
    Bibliotecă de referință pentru susținerea
    Format Portable Network Graphics (PNG).
    Public: Dezvoltatori. Programare
    Limbă: C. Aceasta este o aplicație care
    poate, de asemenea...
    Descărcați LIBPNG: biblioteca de referință PNG
  • 4
    Detector de metale bazat pe RP2040
    Detector de metale bazat pe RP2040
    Bazat pe placa Raspberry Pi Pico, aceasta
    detectorul de metale este inclus în puls
    categoria detectoare de metale cu inductie, cu
    avantaje și dezavantaje bine cunoscute.
    RP...
    Descărcați detector de metale bazat pe RP2040
  • 5
    Manager PAC
    Manager PAC
    PAC este un înlocuitor Perl/GTK pentru
    SecureCRT/Putty/etc (linux
    ssh/telnet/... gui)... Oferă un GUI
    pentru a configura conexiuni: utilizatori,
    parole, Așteptați regula...
    Descărcați PAC Manager
  • 6
    GeoServer
    GeoServer
    GeoServer este un software open-source
    server scris în Java care permite utilizatorilor
    pentru a partaja și edita date geospațiale.
    Proiectat pentru interoperabilitate, it
    publică da...
    Descărcați GeoServer
  • Mai mult »

Comenzi Linux

Ad