profisis - Online în cloud

PROGRAM:

NUME

profisis - situsuri de interacțiune proteină-proteină identificate din secvență

REZUMAT

profisis [OPȚIUNE]

DESCRIERE

profisis (ISIS) este o metodă bazată pe învățarea automată care identifică reziduurile care interacționează
numai din secvență. Deși metoda este dezvoltată folosind proteină-proteină tranzitorie
interfețe din complexe de structuri 3D cunoscute experimental, nu le folosește niciodată în mod explicit
Informații 3D. În schimb, combinăm caracteristicile structurale prezise cu cele evolutive
informație. Cele mai puternice predicții ale metodei au atins o acuratețe de peste 90% într-un
experiment de validare. Rezultatele noastre sugerează că, în ciuda diversităţii semnificative în
natura interacțiunilor proteină-proteină, toate împărtășesc principii de bază comune și asta
aceste principii sunt identificabile numai din secvență.

Convertire of PSI-BLAST aliniere la HSSP format
Cea mai actualizată procedură poate fi găsită la
.

1. Convertiți ieșirea BLAST într-un format de aliniere unică (SAF):
/usr/share/librg-utils-perl/blast2saf.pl fasta= maxAli=3000 eSaf=1
saf=

2. Convertiți formatul SAF în HSSP:
/usr/share/librg-utils-perl/copf.pl formatIn=saf formatOut=hssp
fileOut= exeConvertSeq=convert_seq

3. Filtrați rezultatele la 80% redundanță:
/usr/share/librg-utils-perl/hssp_filter.pl red=80 fileOut=

producție format
Vezi descrierea --outformat opțiune.

REFERINȚE

Ofran, Y. şi Rost, B. (2007). ISIS: site-uri de interacțiune identificate din secvență.
bioinformatica, 23(2), e13-6.

OPŢIUNI

Parametri necesari

--fastafile
fișier care conține secvența dvs. în format fasta

--hsspfile
fișier cu date hssp pentru secvența în --fastafile

--rdbprofile
fișier cu ieșire prof pentru secvența în --fastafile

--outfile
fisier de iesire

Parametri opționali

--outformat
format de ieșire [pp|prval], implicit=pp

format pp PredictProtein:

Ieșire ::= Header_Line Binary_Out Raw_Out

Header_Line ::= '>' Header_String '\n'

Binary_Out ::= ( Horiz_Sequence '\n' Bin_Pred '\n\n' )+

Horiz_Sequence ::= Amino_Acid_One_Letter_Code{,40}

Bin_Pred ::= [P-]{,40}

„P” marchează un reziduu de legare.

Raw_Out ::= ( Amino_Acid_Number ' ' Amino_Acid_One_Letter_Code ' ' Prediction_Score '\n' )+

Prediction_Score ::= Integer_Value

Vedeți exemple de ieșiri în /usr/share/doc/profisis/examples.

prval
( 'resn resi predicted_value' )+, de ex

„1 M 25”
„2 R 36”
...

--depanare
--nodebug
Implicit: --nodebug

--succint
Ieșire succintă (imprimați valori fără încredere).

Parametrii care controlează post-procesarea - acești parametri afectează doar partea superioară a
format de ieșire „pp”.

--gap=int
implicit=20

--stretch=int
implicit=5

--crd=int
implicit=7

--crd-restriction
--nocrd-restriction
Implicit: --crd-restriction. Folosiți codul original ($crd = undef) (--crd-restriction) sau
utilizați codul nou ($cr) (--nocrd-restriction).

EXEMPLE

profisis --fastafile /usr/share/doc/profisis/examples/3A1P_A.fasta --hsspfile /usr/share/doc/profisis/examples/3A1P_A.hssp --rdbprofile /usr/share/doc/profisis/examples_A/3A1P .rdbProf --outfile /tmp/3A1P_A.profisis

MEDIUL

PROFISISCONF
Locația fișierului de configurare de utilizat, suprascriind alte fișiere de configurare

Utilizați profisis online folosind serviciile onworks.net