Aceasta este comanda pymol care poate fi rulată în furnizorul de găzduire gratuit OnWorks folosind una dintre multiplele noastre stații de lucru online gratuite, cum ar fi Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online Windows sau emulator online MAC OS
PROGRAM:
NUME
pymol - pachet de grafică moleculară și modelare gratuit și flexibil
REZUMAT
pimol [Opțiuni] [fișiere]
DESCRIERE
De-a lungul anilor, PyMOL a devenit un vizualizator molecular capabil, cu suport pentru animații,
randare de înaltă calitate, cristalografie și alte activități comune de grafică moleculară.
A fost adoptat de multe sute (poate chiar mii) de oameni de știință răspândiți
treizeci de țări. Cu toate acestea, PyMOL este încă o lucrare în desfășurare, cu dezvoltare
se așteaptă să continue în anii următori.
OPŢIUNI
Aceste opțiuni sunt acceptate în prezent:
-2 Începeți în modul mouse cu două butoane.
-c Mod linie de comandă, fără GUI. Pentru operatii pe lot.
-d şir
Rulați șirul de comandă pymol la pornire.
-e Începeți în modul ecran complet.
-f #linia
Controlează afișarea comenzilor și a feedback-ului în OpenGL (0=de pe).
-g fișier.png
Scrieți un fișier PNG (după evaluarea argumentelor anterioare)
-i Dezactivați interfața internă OpenGL (lista de obiecte, meniuri etc.)
-l fişier.py
Generați un program python într-un fir nou.
-o Dezactivați protecțiile de securitate pentru fișierele de sesiune.
-p Ascultați comenzile la intrarea standard.
-q Lansare liniștită. Suprima ecranul de splash și alte discuții.
-r fişier.py
Rulați un program Python (în __principal__) la inceput.
-s scenariu
Salvați comenzile în acest script PyMOL sau fișier de program.
-t Utilizați modulul GUI extern bazat pe Tcl/Tk (pmg_tk).
-u scenariu
Încărcați și adăugați la acest script PyMOL sau fișier de program.
-x Dezactivați modulul GUI extern.
-B Activați semnalul stereo cu linie albastră (pentru stereo Mac)
-G Începeți în modul Joc.
-M Forțați mono chiar și atunci când este prezent hardware stereo.
-R Lansați ascultătorul XMLRPC al lui Greg Landrum.
-S Forțați și lansați în stereo, dacă este posibil.
-X int -Y int -W int -H int -V int
Reglați geometria ferestrei.
TOATE fișiere furnizate vor fi încărcate sau rulate după pornirea PyMOL. Ei pot avea unul dintre
următoarele extensii:
Scriptul de comandă .pml PyMOL care urmează să fie rulat la pornire
.py[cm] Programul Python care urmează să fie rulat la pornire
Fișier în format .pdb Protein Data Bank care urmează să fie încărcat la pornire
Formatul .mmod Macromodel care urmează să fie încărcat la pornire
.mol MDL Fișier MOL pentru a fi încărcat la pornire
Fișierul .sdf MDL SD care urmează să fie analizat și încărcat la pornire
Fișierul .xplor X-PLOR Map (ASCII) care urmează să fie încărcat la pornire
.ccp4 Fișier de hartă CCP4 (BINAR) pentru a fi încărcat la pornire
.cc[12] Fișier de coordonate carteziene 3D ChemDraw
.pkl Pickled ChemPy Model (clasa "chempy.model.Indexat")
.r3d Fișier Raster3D
Fișier .cex CEX (Metaforică)
.top fișier de topologie AMBER
Fișier de coordonate .crd AMBER
.primul fișier de repornire AMBER
.trj traiectorie CHHLUMBRU
.pse Fișier de sesiune PyMOL
.phi Delphi/Grasp Electrostatic Potential Map
Pentru o listă de opțiuni, puteți introduce, de asemenea, următoarele în linia de comandă a pimol:
ajutor lansare
COMANDE
Vă rugăm să consultați documentația online PyMols la
http://www.pymolwiki.org/index.php/Category:Comenzi sau ajutorul său intern pentru o comandă
referinţă.
Utilizați pymol online folosind serviciile onworks.net
