razers3 - Online în cloud

PROGRAM:

NUME

razers3 - Cartografiere de citire mai rapidă, complet sensibilă

REZUMAT

razers3 [OPȚIUNI] razers3 [OPȚIUNI]


DESCRIERE

RazerS 3 este un mapper versatil de citire complet sensibil bazat pe numărarea k-mer și
filtre de însămânțare. Acceptă maparea unică și pereche, memorie partajată
paralelism și parametrizează în mod optim filtrul pe baza unui minim definit de utilizator
sensibilitate. Vedea http://www.seqan.de/projects/razers pentru mai multe informatii.

Intrarea în RazerS 3 este un fișier genom de referință și fie un fișier cu un singur capăt
citiri sau două fișiere care conțin parteneri din stânga sau din dreapta ale citirilor asociate.

(c) Copyright 2009-2013 de David Weese.

-h, --Ajutor

Afișează acest mesaj de ajutor.

--versiune

Afișează informații despre versiune

Opțiuni principale:

-i, --procent-identitate NUM

Pragul de identitate procentual. În intervalul [50..100]. Implicit: 95.

-rr, --rata-de-recunoaștere NUM

Rata procentuală de recunoaștere. În intervalul [80..100]. Implicit: 99.

-ng, --fără goluri

Permiteți numai nepotriviri, fără indeluri. Implicit: permiteți ambele.

-f, --redirecţiona

Harta citește numai pentru a transmite șiruri.

-r, --verso

Harta citește doar pentru a inversa firele.

-m, --max-hituri NUM

Doar ieșire dintre cele mai bune hituri. În intervalul [1..inf]. Implicit: 100.

--unic

Produceți numai cele mai bune potriviri unice (-m 1 -dr 0 -pa).

-tr, --trim-citește NUM

Tăiați citirile la lungimea dată. Implicit: dezactivat. În intervalul [14..inf].

-o, --ieșire FILE

Numele fișierului rezultat al mapării. Mod implicit: .razere. Tipurile de fișiere valide sunt:
.razers, .eland, .fa, .fasta, .gff, .sam și .afg.

-v, --verbos

Modul verbos.

-vv, --verboză

Modul foarte pronunțat.

Opțiuni de sfârșit pereche:

-ll, --lungimea-bibliotecă NUM

Lungimea bibliotecii la sfârșitul perechi. În intervalul [1..inf]. Implicit: 220.

-la, --bibliotecă-eroare NUM

Toleranță la lungimea bibliotecii la sfârșitul perechi. În intervalul [0..inf]. Implicit: 50.

Opțiuni de format de ieșire:

-a, --aliniere

Eliminați alinierea pentru fiecare meci (numai formatul razer sau fasta).

-pa, --purge-ambiguu

Purge citește cu mai mult decât cele mai bune meciuri.

-dr, --distanta-gama NUM

Luați în considerare doar potrivirile cu cel mult încă NUM erori în comparație cu cele mai bune. Mod implicit:
scoateți toate.

-gn, --denumirea genomului NUM

Selectați modul în care sunt denumiți genomurile (consultați secțiunea de denumire de mai jos). În intervalul [0..1]. Mod implicit:
0.

-rn, --citește-denumire NUM

Selectați modul în care sunt denumite citirile (consultați secțiunea Denumirea de mai jos). În intervalul [0..3]. Implicit: 0.

--complet-citit

Utilizați întregul ID de citire (nu decupați după spații albe).

-asa de, --ordinea de sortare NUM

Selectați modul în care sunt sortate potrivirile (consultați secțiunea Sortare de mai jos). În intervalul [0..1].
Implicit: 0.

-pf, --format-poziție NUM

Selectați numerotarea poziției de început/sfârșit (consultați secțiunea Coordonate de mai jos). In raza de actiune
[0..1]. Implicit: 0.

-d, --nu-strânge-aliniamente

Dezactivați reducerea alinierii în SAM. Acest lucru este necesar pentru generarea unei cartografii de aur
pentru Rabema.

Opțiuni de filtrare:

-fl, --filtru STR

Selectați filtrul k-mer. Unul de porumbei și iute. Implicit: porumbei.

-Domnul, --rata-mutației NUM

Setați rata de mutație procentuală (casă). În intervalul [0..20]. Implicit: 5.

-ol, --lungime-suprapunere NUM

Setați manual lungimea de suprapunere a k-mers adiacente (casu). În intervalul [0..inf].

-pd, --param-dir DIR

Citiți fișierele de parametri calculate de utilizator în director (rapid).

-t, --prag NUM

Setați manual pragul minim de numărare a k-mer (rapid). În intervalul [1..inf].

-tl, --lungime-tabu NUM

Setați lungimea tabu (rapidă). În intervalul [1..inf]. Implicit: 1.

-s, --formă BITSTRING

Setați manual forma k-mer.

-oc, --supraabundență-tăiat NUM

Setați rata de tăiere a supraabundenței k-mer. În intervalul [0..1]. Implicit: 1.

-rl, --lungimea-repetă NUM

Omite repetări simple ale lungimii . În intervalul [1..inf]. Implicit: 1000.

-lf, --factor de încărcare NUM

Setați factorul de încărcare pentru indexul k-mer de adresare deschisă. În intervalul [1..inf].
Implicit: 1.6.

Opțiuni de verificare:

-mN, --meci-N

N se potrivește cu toate celelalte caractere. Implicit: N nu corespunde cu nimic.

-ed, --error-distr FILE

Scrieți distribuția erorilor în FILE.

-mf, --fisier-nepotrivire FILE

Scrieți modele de nepotrivire în FILE.

Opțiuni diverse:

-cm, --compact-mult NUM

Înmulțiți pragul de compactare cu această valoare după atingere și compactare. In raza de actiune
[0..inf]. Implicit: 2.2.

-ncf, --no-compact-frac NUM

Nu compactați dacă în această ultimă fracțiune a genomului. În intervalul [0..1]. Implicit: 0.05.

Opțiuni de paralelism:

-pws, --dimensiunea-ferestrei-paralele NUM

Colectați candidații în ferestre de această lungime. În intervalul [1..inf]. Implicit: 500000.

-pvs, --dimensiunea-verificare-paralelă NUM

Verificați candidații în pachete de această dimensiune. În intervalul [1..inf]. Implicit: 100.

-pvmpc, --parallel-verification-max-package-count NUM

Cel mai mare număr de pachete de creat pentru verificare per fir-1. In raza de actiune
[1..inf]. Implicit: 100.

-amms, --disponibil-se potrivește cu dimensiunea memoriei NUM

Octeți de memorie principală disponibili pentru stocarea potrivirilor. În intervalul [-1..inf]. Implicit: 0.

-mhst, --match-histo-start-threshold NUM

Când să începeți histograma. În intervalul [1..inf]. Implicit: 5.

FORMATE, DENUMIRE, SORTARE ȘI SCHEME DE COORDONATE

RazerS 3 acceptă diferite formate de ieșire. Formatul de ieșire este detectat
automat din sufixul numelui fișierului.

.razere

format Razer

.fa, .fasta

Format Fasta îmbunătățit

.eland

Formatul Eland

.gff format GFF

.sam format SAM

.afg Formatul Amos AFG

În mod implicit, citirile și contig-urile sunt referite prin ID-urile lor Fasta date în intrare
fișiere. Cu -gn si -rn opțiuni acest comportament poate fi schimbat:

0 Utilizați id-ul Fasta.

1 Enumerați începând cu 1.

2 Utilizați secvența de citire (numai pentru citiri scurte!).

3 Folosiți ID-ul Fasta, NU adăugați /L or /R pentru perechi de perechi.

Modul în care sunt sortate potrivirile în fișierul de ieșire poate fi modificat cu ajutorul -asa de opțiune
pentru următoarele formate: razers, fasta, sam și afg. Sortare primară și secundară
cheile sunt:

0 1. număr citit, 2. poziția genomului

1 1. poziţia genomului, 2. numărul citit

Spațiul de coordonate folosit pentru pozițiile de început și de sfârșit poate fi schimbat cu -pf
opțiune pentru formatele razer și fasta:

0 Spațiu gol. Diferențele dintre caractere sunt numărate de la 0.

1 Poziționați spațiul. Caracterele se numără de la 1.

EXEMPLE

rasers3 -i 96 -tc 12 -o mapped.razers hg18.fa reads.fq

Hartă citiri cu un singur capăt cu o rată de eroare de 4% folosind 12 fire.

rasers3 -i 95 - fără goluri -o mapat.razers hg18.fa citește.fq.gz

Hartă citirile gzipped cu un singur capăt cu o rată de eroare de 5% și fără indelări.

rasers3 -i 94 -rr 95 -tc 12 -ll 280 --le 80 -o mapped.razers hg18.fa reads_1.fq
citește_2.fq

Hartă citiri asociate cu până la 6% erori, 95% sensibilitate, 12 fire și numai
ieșire perechi aliniate cu o distanță exterioară de 200-360bp.

VERSIUNE

Versiunea razers3: 3.2 [14104] Ultima actualizare 2013-06-12

Utilizați razers3 online folosind serviciile onworks.net