ribbon - Online în cloud

PROGRAM:

NUME

ribbon - Pachetul de grafică moleculară Raster3D ribbon-drawer

REZUMAT

„panglică” [-h] [-d[0123456]] pdbfile
or
„panglică” [-h] -d[0123456] - (pentru a lua înregistrări PDB de la stdin)

Panglică citește un fișier de coordonate PDB și produce un fișier pe stdout care conține Raster3D
înregistrări de descriptor pentru o reprezentare tip panglică construită dintr-o plasă triunghiulară. The
fisier produs de panglică poate fi alimentat direct randament sau poate fi combinat cu
fișiere descriptor produse de alte utilitare Raster3D.

EXEMPLE

Pentru a descrie un întreg lanțul proteic ca o singură panglică colorată fin de la albastru la
capătul N-terminal la roșu la capătul C-terminal:

panglica -d2 proteina.pdb | randare > chain_picture.png

Pentru a colora o proteină cu mai multe lanțuri cu culori specificate pentru fiecare lanț:

cat chaincolors.pdb protein.pdb | panglică -d5 - > lanțuri.r3d

OPŢIUNI

-h

Suprimați înregistrările antet în ieșire. În mod implicit panglică va produce un fișier de ieșire care
începe cu înregistrările antet care conțin un set implicit de opțiuni de scalare și procesare.
-h flag va suprima aceste înregistrări antet astfel încât fișierul de ieșire să conțină numai
descriptori triunghi. Această opțiune este utilă pentru a produce fișiere care descriu doar o parte
a unei scene și care urmează să fie ulterior combinate cu fișierele descriptor produse de alții
programe.

-d[0123456]

În mod implicit panglică necesită intrare interactivă pentru a selecta parametrii și colorarea panglicii
informație. Cu toate acestea, sunt implementate cinci scheme de colorare implicite și acestea pot fi
selectat ca opțiune de linie de comandă pentru a ocoli orice intrare interactivă.

-d sau -d0 la fel ca -d2 de mai jos

-d1 panglică de culoare solidă (implicit la albastru)

-d2 nuanță de la albastru la capătul N-terminal la roșu la capătul C-terminal

-d3 o suprafață a panglicii este albastră, cealaltă suprafață este gri

-d4 nuanță suprafața frontală de la albastru la roșu, suprafața din spate este gri

-d5 lanțuri separate de culoare folosind carduri de culoare succesive
din fluxul de intrare. Rețineți că potrivirea modelului pe înregistrările de culoare _nu_ este făcută;
culorile sunt pur și simplu luate secvenţial pe măsură ce se întâlnesc noi lanțuri.

-d6 Colorează după cel mai apropiat atom CA așa cum este luat din CULOARE
înregistrările din capul fișierului de intrare

DESCRIERE

Intrarea către panglică constă dintr-un singur fișier text care conține informații despre culoare
[opțional] și coordonatele atomice în format de bancă de date PDB. Numai CA și atom de carbonil O
sunt necesare înregistrări; toți ceilalți atomi de intrare sunt ignorați. Parametrii și colorarea panglicii
specificat interactiv atunci când programul este rulat. Interacțiunea tastaturii poate fi ocolită de
selectând una dintre schemele de colorare implicite folosind steag-ul -d. O plasă triunghiulară
panglica este scoasă ca înregistrări de descriptor Raster3D. În mod implicit, fișierul de ieșire conține a
set de înregistrări antet, conform cerințelor randament program. Antetul este construit pentru
include o matrice TMAT corespunzătoare matricei de transformare conținută în fișier
setare.matrice (dacă există), sau la unghiurile euleriene cuprinse în dosar setare.unghiuri (dacă
exista).

Panglică produce o urmă netedă continuă a coloanei vertebrale proteice. Pentru mai complicat
reprezentări ale structurii secundare a proteinei este mai bine să utilizați un program diferit,
de exemplu, MOLSCRIPT, mai degrabă decât panglică.

MEDIUL

Fișierele setup.matrix și setup.angles, dacă există, afectează înregistrările antet produse
by panglică.

SOURCE

anonim ftp site-ul:
ftp.bmsc.washington.edu

web URL-ul:
http://www.bmsc.washington.edu/raster3d/raster3d.html

a lua legatura:
Ethan A Merritt
Universitatea din Washington, Seattle WA 98195
[e-mail protejat]

Utilizați panglica online folosind serviciile onworks.net