Aceasta este comanda seqwordse care poate fi rulată în furnizorul de găzduire gratuit OnWorks folosind una dintre multiplele noastre stații de lucru online gratuite, cum ar fi Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online Windows sau emulator online MAC OS
PROGRAM:
NUME
seqwords - generează fișiere DHF din căutarea de cuvinte cheie a UniProt.
REZUMAT
cuvinte secvențe -cheie infile -spfile infile -outfile outfile
cuvinte secvențe -Ajutor
DESCRIERE
cuvinte secvențe este un program de linie de comandă de la EMBOSS („The European Molecular Biology Open
Suita de software”). Face parte din grupul (grupurile) de comandă „Proteine: Structură 3D”.
OPŢIUNI
Intrare secțiune
-cheie infile
Această opțiune specifică numele fișierului de cuvinte cheie (input). Acesta conține o listă de
cuvinte cheie specifice unui număr de familii SCOP sau CATH și superfamilii utilizate de
SEQWORDS pentru a căuta într-o bază de date de secvențe.
-spfile infile
Această opțiune specifică numele bazei de date de secvențe (input) de căutat.
producție secțiune
-outfile outfile
Această opțiune specifică numele fișierului DHF (fișier de accesări de domeniu) (ieșire). Un „domeniu
fișierul de accesări” conține accesări ale bazei de date (secvențe) cu informații de clasificare a domeniului,
în format DHF (similar FASTA). Hiturile sunt rude cu o familie SCOP sau CATH (sau
alt nod din ierarhiile structurale) și se găsesc dintr-o căutare a unei secvențe
Bază de date. Fișierele care conțin hit-uri preluate de PSIBLAST sunt generate utilizând
SEQSEARCH, hit-uri recuperate de o proteină rară semnatare folosind SIGSCAN sau diverse
tipuri de HMM și profil folosind LIBSCAN. Valoare implicită: test.hits
Utilizați seqwordse online folosind serviciile onworks.net