sfetch - Online în cloud

PROGRAM:

NUME

sfetch - obțineți o secvență dintr-o bază de date flatfile.

REZUMAT

schiță [Opțiuni] seqname

DESCRIERE

schiță preia secvența numită seqname dintr-o bază de date de secvențe.

Ce bază de date este utilizată este controlată de -d si -D opțiuni, sau „mici baze de date” și
„baze de date mari”. Locația directorului „marilor baze de date” poate fi specificată de
variabilele de mediu, cum ar fi $SWDIR pentru Swissprot și $GBDIR pentru Genbank (vezi -D pentru
lista completă). Trebuie specificată o cale completă a fișierului pentru „bazele de date mici”. De
implicit, dacă nicio opțiune nu este specificată și numele arată ca un identificator Swissprot
(de exemplu are un caracter _), variabila de mediu $SWDIR este folosită pentru a încerca
recuperați secvența seqname de la Swissprot.

Sunt disponibile o varietate de alte opțiuni care permit recuperarea subsecvențelor (-f,-t);
preluare prin numărul de acces în loc de după nume (-a); reformatarea secvenței extrase
într-o varietate de alte formate (-F); etc.

Dacă baza de date a fost indexată SSI, recuperarea secvenței va fi extrem de eficientă;
altfel, recuperarea poate fi dureros de lentă (întreaga bază de date poate fi citită în memorie
pentru a găsi seqname). Indexarea SSI este recomandată pentru toate bazele de date mari sau permanente. The
program sindex creează indecși SSI pentru orice fișier de secvență.

schiță a fost numit inițial getseq, și a fost redenumit deoarece a intrat în conflict cu un program GCG
cu același nume.

OPŢIUNI

-a interpret seqname ca număr de acces, nu ca identificator.

-d
Preluați secvența dintr-un fișier de secvență numit . Dacă un indice GSI
.gsi există, este folosit pentru a accelera recuperarea.

-f
Extrageți o subsecvență pornind de la poziție , mai degrabă decât de la 1. Vezi t.
If este mai mare decât (după cum este specificat de -t opțiunea), apoi secvența
este extras ca complement invers (se presupune că este o secvență de acid nucleic).

-h Imprimați un scurt ajutor; include numărul versiunii și rezumatul tuturor opțiunilor, inclusiv
opțiuni de experți.

-o
Direcționați rezultatul către un fișier numit . În mod implicit, ieșirea ar merge la
stdout.

-r
Redenumiți secvența în ieșire după extracție. În mod implicit,
identificatorul de secvență original ar fi reținut. Util, de exemplu, dacă se recuperează
un fragment de secvență; coordonatele fragmentului ar putea fi adăugate la nume
(asta face Pfam).

-t
Extrageți o subsecvență care se termină la poziție , mai degrabă decât la sfârșitul
secvenţă. Vedea -F. If e mai puțin decât (după cum este specificat de -f opțiune),
apoi secvența este extrasă ca complement invers (se presupune că este
secvența de acid nucleic)

-D
Preluați secvența din baza de date codificată a secvenței principale . Pentru fiecare
cod, acolo is an mediu inconjurator variabilă care specifică calea directorului către acesta
Bază de date. Codurile recunoscute și variabilele lor de mediu corespunzătoare sunt -Dsw
(Swissprot, $SWDIR); -Dpir (PIR, $PIRDIR); -Dem (EMBL, $EMBLDIR); -Dgb (Genbank,
$GBDIR); -Dwp (Wormpep, $WORMDIR); și - Dowl (BUFINĂ, $OWLDIR). Fiecare bază de date este citită
în formatul său nativ de fișier plat.

-F
Reformatați secvența extrasă într-un format diferit. (În mod implicit, secvența
este extras din baza de date în același format ca baza de date.) Disponibil
formatele sunt embl, fasta, Genbank, gcg, strider, zuker, IG, pir, calamar, si brut.

EXPERT OPŢIUNI

--informat
Specificați că fișierul de secvență este în format , mai degrabă decât FASTA implicit
format. Exemplele comune includ Genbank, EMBL, GCG, PIR, Stockholm, Clustal, MSF,
sau PHYLIP; consultați documentația tipărită pentru o listă completă a formatelor acceptate
nume. Această opțiune înlocuiește formatul implicit (FASTA) și formatul -B Babelfish
opțiunea de autodetecție.

Utilizați sfetch online folosind serviciile onworks.net