Aceasta este comanda t_coffee care poate fi rulată în furnizorul de găzduire gratuit OnWorks folosind una dintre multiplele noastre stații de lucru online gratuite, cum ar fi Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online Windows sau emulator online MAC OS
PROGRAM:
NUME
t-coffee - aliniere secventa multipla
REZUMAT
t_cafea [Opțiuni]fişier
t-cafea aliniază mai multe secvențe de ADN sau proteine.
OPŢIUNI
Un rezumat al opțiunilor este inclus mai jos. Pentru o descriere completă, consultați
documentație.
-full_log S [0]
-run_name S [0]
-mem_mode S [0] în sine
-extinde D [1] 1
-extend_mode S [0] triplet_foarte_rapid
-max_n_pereche D [0] 10
-seq_name_for_quadruplet S [0] toate
-compact S [0] lipsă
-curat S [0] Nu.
-do_self FL [0] 0
-do_normalizeze D [0] 1000
-fișier_șablon S [0]
-seq S [0]
-în S [0] Mlalign_id_pair Mslow_pair
-pdb S [0]
-out_lib W_F [0] Nu.
-lib_doar D [0] 0
-greutate superioară W_F [0] Nu.
-sursa_seq S [0] orice
-penalizare_cosmetică D [0] -50
-gapopen D [0] 0
-gapext D [0] 0
-fgapopen D [0] 0
-fgapext D [0] 0
-nu se potrivesc D [0] 0
- arbore nou W_F [0] lipsă
-usetree R_F [0]
-tree_mode S [0] încetini
-Quicktree FL [0] 0
-outfile W_F [0] lipsă
- maximizează FL [1] 1
-ieșire S [0] clustalw
-infile R_F [0]
-matrice S [0] blosum62mt
-tg_mode D [0] 1
-profile_mode S [0] cw_profile_profile
-comparație_profil S [0] full50
-dp_mode S [0] cfasta_pair_wise
-ktuplu D [0] 1
-ndiag D [0] 0
-diag_threshold D [0] 0
-diag_mode D [0] 0
-sim_matrix S [0] vasiliky
-Tip S [0]
-outorder S [0] aliniat
-secventele S [0] de pe
-caz S [0] păstra
-CPU D [0] 0
-maxnseq D [0] 60
-maxlen D [0] -1
-greutate S [0] lipsă
-seq_greutate S [0] t_cafea
-alinia FL [1] 1
-mocca FL [0] 0
-domeniu FL [0] 0
-start D [0] 0
-len D [0] 0
-scară D [0] 0
-mocca_interactive FL [0] 0
-evaluate_mode S [0] t_coffee_fast
-get_type FL [0] 0
-clean_aln D [0] 0
-prag_curat D [1] 1
-iterație_curată D [1] 1
-clean_evaluate_mode S [0] t_coffee_fast
-profil S [0]
-profil1 S [0]
-profil2 S [0]
-extend_matrix FL [0] 0
-prot_min_sim D [40] 40
-prot_max_sim D [60] 60
-prot_min_cov D [0] 0
-pdb_min_sim D [30] 30
-pdb_max_sim D [100] 100
-pdb_min_cov D [50] 50
-pdb_blast_server W_F [0] SIB
-prot_blast_server W_F [0] SIB
-pdb_db W_F [0] nrl3d
-protein_db W_F [0] nr
-metod_log W_F [0] Nu.
-struc_to_use S [0]
-cache W_F [0] utilizare
-align_pdb_param_file W_F [0] Nu.
-align_pdb_hasch_mode W_F [0] hasch_ca_trace_bubble
-msa_mode S [0] copac
-lalign_n_top D [0] 10
-repeta D [0] 0
-tunde D [0] 0
-Despică D [0] 0
-trimfile S [0] lipsă
-Despică D [0] 0
-split_nseq_thres D [0] 0
-split_score_thres D [0] 0
-check_pdb_status D [0] 0
-seq_to_keep S [0]
-dpa_master_aln S [0]
-dpa_maxnseq D [0] 10
-dpa_min_score1 D [0]
-dpa_min_score2 D [0]
-dpa_keep_tmpfile FL [0] 0
-dpa_debug D [0] 0
-multi_thread S [0]
-lib_list S [0]
Utilizați t_coffee online folosind serviciile onworks.net
