tbl2asn - Online în cloud

PROGRAM:

NUME

tbl2asn - pregătiți o trimitere GenBank folosind un tabel de caracteristici ASCII

REZUMAT

tbl2asn [-] [-A str] [-C str] [-D nume de fișier] [-E] [-F str] [-G str] [-H str] [-J] [-K] [-L]
[-M str] [-N n] [-O] [-P] [-Q str] [-R] [-S] [-T] [-U] [-V str] [-W] [-X str]
[-Y nume de fișier] [-Z nume de fișier] [-a str] [-b] [-c str] [-f nume de fișier] [-g] [-h] [-i nume de fișier]
[-j str] [-k str] [-n str] [-o nume de fișier] [-p str] [-q] [-r str] [-s] [-t nume de fișier] [-u]
[-v] [-w nume de fișier] [-x str] [-y str] [-z]

DESCRIERE

tbl2asn citește un șablon împreună cu fișierele de secvență și tabel și scoate ASN.1 pentru
depunerea către GenBank. Astfel, solicitantul nu trebuie să citească fiecare set de tabel și
secvența fișierelor în Sequin. În plus, fișierul șablon poate conține organismul și
transmite informațiile comune tuturor înregistrărilor, evitând necesitatea introducerii acestor date pentru
fiecare pereche secvență/tabel.

OPŢIUNI

Un rezumat al opțiunilor este inclus mai jos.

- Imprimați mesajul de utilizare

-a str Aderării

-C str Eticheta Centrului genomului

-D nume de fișier
Fișierul de descriptori

-E Recurs

-F Link-uri ID caracteristică (o prin suprapunere, p după produs)

-G str Semnalizatoare de decalaj de aliniere (câmpuri separate prin virgulă, de exemplu, p,-,-,-,?,. ) n Nucleotid sau p
Proteine, Început, Mijloc, Final Gap Caractere, Caractere lipsă, Potrivire caractere
Aliniere caractere Gap din mijloc

-H str Țineți până la publicare:
y Timp de un an
mm / zz / aaaa
Până la data specificată

-J Set de produse genomic întârziat

-K Set Bioseq sigur

-L Forțați Local protein_id/transcript_id

-M str Steaguri master genom:
n Normal
b Secvență mare
p Opțiunea de alimentare
t TSA

-N n Numărul versiunii proiectului

-O Permiteți rularea ORF-urilor

-P Căutare de la distanță a publicațiilor

-Q politica de titlu ARNm
s Titluri speciale de ARNm
r RefSeq titluri ARNm

-R Preluarea de la distanță a înregistrării secvenței de la ID

-S Adnotare inteligentă pentru funcții

-T Căutare de la distanță a taxonomiei

-U Îndepărtați referința genă inutilă

-V str Verificare (combinați oricare dintre următoarele litere)
v Validați cu strictețe normală
r Validați fără verificarea țării
c Validarea codului de bare
b Generați GenBank Flatfile
g Generați raport genetic
t Validați cu verificarea TSA

-W Înregistrează progresul

-X str Steaguri suplimentare (combinați oricare dintre următoarele litere)
A Generare automată a liniilor de definiție
C Aplicați comentarii în .cmt fișiere la toate secvențele
E Tratați ca Eukarypota în raportul de discrepanță

-Y nume de fișier
Citiți un șir de comentarii de la nume de fișier

-Z nume de fișier
Scrieți un raport de discrepanță către nume de fișier

-a str Tip fișier:
a Oricare (implicit)
r20u Execuții de 20+ Ns sunt goluri, 100 Ns sunt lungime necunoscută
r20k Execuții de 20+ Ns sunt goluri, 100 Ns sunt lungime cunoscută
r10u Execuții de 10+ Ns sunt goluri, 100 Ns sunt lungime necunoscută
r10k Execuții de 10+ Ns sunt goluri, 100 Ns sunt lungime cunoscută
s Set FASTA (s Lot, s1 pop, s2 Phy, s3 Mut, s4 Eco, s9 genom mic)
d FASTA Delta
di FASTA Delta cu lacune implicite
l Alinierea FASTA+Gap (l Lot, l1 pop, l2 Phy, l3 Mut, l4 Eco, l9 Mic-
genomul)
z FASTA cu Gap Lines
e PHRAP/ACE -
b ASN.1 (împreună cu M
)
-b Generați fișier GenBank (depreciat în favoarea -V b)

-c str Curățare (combinați oricare dintre următoarele litere)
d Datele corecte de colectare (să presupunem prima lună)
D Datele corecte de colectare (să presupunem mai întâi ziua)
b Adăugați o notă la regiunile de codare care se suprapun altor regiuni de codare cu altele similare
nume de produse și nu conțin „ABC”
x Extindeți capetele parțiale ale caracteristicilor cu una sau două nucleotide pentru a ajunge la goluri sau
secvența se termină
s Adăugați excepție la intronii scurti
f Remediați numele produselor

-f nume de fișier
Fișier cu un singur tabel

-g Intrarea este un set de produse genomice

-h Convertiți ID-ul general în notă

-i nume de fișier
Fișier de intrare unic

-j str Calificatorii sursei

-k str Steaguri CDS (combinați oricare dintre următoarele litere)
c Adnotați ORF cel mai lung
r Permiteți ORF Runon
m Permite porniri alternative
k Setați conflict pe nepotrivire

-n str Numele organismului

-o nume de fișier
Fișier de ieșire unic

-p str Calea către fișiere

-q Setați ID-ul secvenței din numele fișierului de intrare

-r str Calea spre rezultate

-s Citiți FASTA ca set

-t nume de fișier
Citiți șablonul din nume de fișier

-u Convertiți GenProdSet în NucProtSet

-v Validați (depreciat în favoarea -V v)

-w nume de fișier
Fișier unic de comentarii structurat

-x str Sufix (implicit = .fsa)

-y str

-z Curățați fișierul jurnal Comentariu

Utilizați tbl2asn online folosind serviciile onworks.net