Aceasta este comanda TMalign care poate fi rulată în furnizorul de găzduire gratuit OnWorks folosind una dintre multiplele noastre stații de lucru online gratuite, cum ar fi Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online Windows sau emulator online MAC OS
PROGRAM:
NUME
TMalign - alinierea structurii proteinelor
REZUMAT
TMalign structura.pdbtarget.pdb[Opțiuni]
DESCRIERE
TMalign realizează o aliniere structurală a proteinelor. Alinierea este marcată de TM-
algoritm de scor.
OPŢIUNI
Când este pornit fără opțiuni, este dat un rezumat al comenzilor. Cu două structuri proteice
prezentat ca argumente, scorul TM folosește lungimea celei de-a doua proteine care urmează să fie
normalizat. Alinierea structurală finală este invariabilă cu oricare dintre opțiunile de mai jos.
-L număr normalizează scorul TM cu o lungime atribuită (în aa)
-a normalizează scorul TM cu lungimea medie a celor două structuri
-b normalizează scorul TM prin lungimea celei mai scurte dintre cele două structuri
-c normalizează scorul TM prin lungimea celei mai lungi dintre cele două structuri
-o nume de fișier Rulați TM-align și scoateți suprapunerea la „filename.sup” și
„filename.sup_all”. Fișierele de ieșire servesc ca scripturi pentru program rasmol. La
vizualizați structurile suprapuse ale apelului regiunilor aliniate
'rasmol -script TM.sup' Pentru a vizualiza structurile suprapuse ale tuturor regiunilor
'rasmol -script TM.sup_all'.
Utilizați TMalign online folosind serviciile onworks.net
