TMscore - Online în cloud

PROGRAM:

NUME

TM-score - un algoritm pentru a calcula similaritatea topologiilor a două proteine
structurile

VERSIUNE

Această documentație se referă la versiunea TM-score lansată pe 2011/01/30

REZUMAT

1. Rulați TM-score pentru a compara „model” și „nativ”:

Modelul TMscore nativ

2. Rulați TM-score cu un d0 atribuit, de exemplu 5 Angstroms:

Modelul TMscore nativ -d 5

3. Rulați TM-score cu ieșire prin suprapunere, de exemplu, „TM.sup”, și vizualizați în Rasmol:

TMscore model nativ -o TM.sup
rasmol -script TM.sup

DESCRIERE

Acest program este de a compara două structuri de proteine ​​și de a identifica cea mai bună suprapunere
are cel mai mare scor TM. Structurile de intrare trebuie să fie în format PDB. În mod implicit, scorul TM
este normalizat de a doua proteină. Utilizatorii pot obține o scurtă instrucțiune prin simplu
rulează programul fără argumente.

OPŢIUNI

-o filename.sup Afișează suprapunerea la fișierul specificat,
potrivit pentru utilizare în rasmol.

-d value Setează d0 la numărul specificat de angstromi.

Utilizați TMscore online folosind serviciile onworks.net