Aceasta este comanda tqs care poate fi rulată în furnizorul de găzduire gratuit OnWorks folosind una dintre multiplele noastre stații de lucru online gratuite, cum ar fi Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online Windows sau emulator online MAC OS
PROGRAM:
NUME
tqs - Trim Quality Solexa-Illumina Sequences
REZUMAT
Secvența de tăiere de calitate Solexa-Illumina citește folosind praguri definite de utilizator.
OPŢIUNI
-h, --ajutor
afișați acest mesaj de ajutor și ieșiți
-f SEQFILE, --sequence file=SEQFILE
Fișier de secvență Illumina - Format de ieșire din Analizorul de genom 1G (_seq.txt):
+7 1 255 669
AACCCCCACTCCTACAACGCCATCATTCCCCTCGAC
-q QUALFILE, --qual file=CALFILE
Un fișier prb care conține toate intensitățile Illumina, așa cum sunt emise de 1G
Analizor de genom (_prb.txt)
-l MER, --lungime=MER
Lungimea citirilor secvențelor (adică numărul de cicluri de secvențiere, implicit=36)
-t PRAG, --prag=PRAG
Valoarea pragului intensității de bază (de la -40 la 40, implicit=5)
-d DIFF, --difference=DIFF
Diferența de intensitate de bază între intensitatea maximă și cea de-a doua cea mai bună (1 la 80,
implicit=5)
-c CONSEC, --consec=CONSEC
Număr minim de baze consecutive care trec valorile de prag (implicit=20)
-v, --verbos
Se rulează în modul Verbose.
Utilizați tqs online folosind serviciile onworks.net