velvetoptimiser - Online în cloud

PROGRAM:

NUME

velvetoptimiser - Optimizați automat parametrii de asamblare Velvet do novo

REZUMAT

optimizator de catifea [Opțiuni] -f catifelat intrare linia'

DESCRIERE

VelvetOptimiser este un script Perl cu mai multe fire pentru optimizarea automată a celor trei
opțiunile parametrilor primari (K, -exp_cov, -cov_cutoff) pentru secvența Velvet de novo
asamblator.

OPŢIUNI

--Ajutor Acest ajutor.

--versiune!
Versiunea tipărită la stdout și ieșire. (implicit „0”).

--v|verboză+
Înregistrare detaliată, include toate rezultatele de catifea din fișierul jurnal. (implicit „0”).

--s|hashs=i
Valoarea hash de pornire (inferioară) (implicit „19”).

--e|hashe=i
Valoarea hash finală (mai mare) (implicit „31”).

--X|pas=i
Pasul în căutarea hash.. min 2, fără numere impare (implicit „2”).

--f|velvethfiles=s Secțiunea de fișier a liniei de comandă catifelată. (implicit „0”).

--A|amosfile!
Activați urmărirea citirii de la velvet și ieșirea fișierului Amos. (implicit „0”).

- o|velvetgoptions=s Opțiuni suplimentare de catifea pentru a trece.
de exemplu. -lung_mult_cutoff -max_acoperire etc (implicit '').

--t|fire=i
Numărul maxim de instanțe simulate de catifea de rulat. (implicit „4”).

--g|genomesize=f Dimensiunea aproximativă a genomului care urmează să fie asamblat în megabaze.
Folosit numai în estimarea utilizării memoriei. Dacă nu este specificată, estimarea utilizării memoriei va fi
nu apar. Dacă utilizarea memoriei este estimată, rezultatele sunt afișate și apoi programați
iesirile. (implicit „0”).

--k|optFuncKmer=s Funcția de optimizare utilizată pentru alegerea k-mer. (implicit „n50”).

--c|optFuncCov=s Funcția de optimizare utilizată pentru optimizarea cov_cutoff. (Mod implicit
„Lbp”).

--m|minCovCutoff=f Cov_cutoff minim care trebuie utilizat. (implicit „0”).

--p|prefix=s
Prefixul pentru numele fișierelor de ieșire, implicit este data și ora în format
ZZ-LL-AAAA-HH-LL_. („auto” implicit).

--d|dir_final=s Numele directorului în care se pune rezultatul final. (Mod implicit '.').

--z|upperCovCutoff=f Limita maximă de acoperire de luat în considerare ca multiplicator al
acoperire așteptată. (implicit „0.8”).

Avansat!: Modificarea funcției de optimizare

Funcția de optimizare a ansamblului de optimizare Velvet poate fi construită din următoarele variabile.

LNbp = Numărul total de N în conturi mari Lbp = Numărul total de perechi de baze
în contig mari Lcon = Numărul de contig mari max = Lungimea celui mai lung
contig n50 = The n50 ncon = Numărul total de contigs tbp = Numărul total de
perechi de baze în contigs

Exemple sunt:
„Lbp” = Doar perechile de baze totale în conturi mai lungi de 1 kb „n50*Lcon” = n50
ori numărul de contig lungi. 'n50*Lcon/tbp+log(Lbp)' = N50 de ori
numărul de contig lungi împărțit

cu bazele totale în toate contigurile plus logul numărului de baze în lung
contigs.

Utilizați velvetoptimiser online folosind serviciile onworks.net