Aceasta este aplicația Linux numită BisSNP, care rulează în Linux online, a cărei ultimă versiune poate fi descărcată ca BisSNP-1.0.0.jar. Poate fi rulat online în furnizorul de găzduire gratuit OnWorks pentru stații de lucru.
Descărcați și rulați online această aplicație numită BisSNP pentru a rula în Linux online cu OnWorks gratuit.
Urmați aceste instrucțiuni pentru a rula această aplicație:
- 1. Ați descărcat această aplicație pe computer.
- 2. Introduceți în managerul nostru de fișiere https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX cu numele de utilizator pe care îl doriți.
- 3. Încărcați această aplicație într-un astfel de manager de fișiere.
- 4. Porniți emulatorul online OnWorks Linux sau Windows online sau emulatorul online MACOS de pe acest site web.
- 5. Din sistemul de operare OnWorks Linux pe care tocmai l-ați pornit, accesați managerul nostru de fișiere https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX cu numele de utilizator dorit.
- 6. Descărcați aplicația, instalați-o și rulați-o.
BisSNP să ruleze online în Linux
Ad
DESCRIERE
Acum în Github: https://github.com/dnaase/Bis-tools/tree/master/Bis-SNPBisSNP este un pachet bazat pe Genome Analysis Toolkit (GATK) cadrul de reducere a hărții pentru genotiparea în secvențierea paralelă masivă tratată cu bisulfit (Bisulfite-seq, NOMe-seq și RRBS) pe platforma Illumina. Utilizează inferența bayesiană cu probabilități de metilare specificate manual sau estimate automat ale diferitelor contexte de citozină (nu numai CpG, CHH, CHG în Bisulfite-seq, ci și GCH și colab. în alte secvențieri tratate cu bisulfit) pentru a determina genotipurile și nivelurile de metilare simultan . Funcționează atât pentru citirea single-end, cât și pentru citirea pereche. Specificitatea și sensibilitatea au fost validate de matricea Illumina IM SNP. În datele de prag implicit de 30X (scor Phred > 20), ar putea detecta 92.21% SNP heterozigoți cu o rată fals pozitivă de 0.14%. Apelarea citozinei nu se bazează numai pe contextul de referință, așa că ar putea detecta contextul de citozină nereferință. Grup Google pentru ajutor: http://goo.gl/zL7Nj
DESCRIERE
- Apelant SNP
- apelant de metilare
- Bisulfit-seq/NOMe-seq/RRBS
- genotipare
Public
Știință/Cercetare
Interfața cu utilizatorul
Linie de comanda
Limbaj de programare
Perl, Java
Aceasta este o aplicație care poate fi preluată și de la https://sourceforge.net/projects/bissnp/. A fost găzduit în OnWorks pentru a fi rulat online într-un mod cât mai ușor de pe unul dintre sistemele noastre operative gratuite.
