Aceasta este aplicația Linux numită Hierachical_DNAcoder a cărei ultimă versiune poate fi descărcată ca Sourcecode.zip. Poate fi rulat online în furnizorul gratuit de găzduire OnWorks pentru stații de lucru.
Descărcați și rulați online această aplicație numită Hierachical_DNAcoder cu OnWorks gratuit.
Urmați aceste instrucțiuni pentru a rula această aplicație:
- 1. Ați descărcat această aplicație pe computer.
- 2. Introduceți în managerul nostru de fișiere https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX cu numele de utilizator pe care îl doriți.
- 3. Încărcați această aplicație într-un astfel de manager de fișiere.
- 4. Porniți emulatorul online OnWorks Linux sau Windows online sau emulatorul online MACOS de pe acest site web.
- 5. Din sistemul de operare OnWorks Linux pe care tocmai l-ați pornit, accesați managerul nostru de fișiere https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX cu numele de utilizator dorit.
- 6. Descărcați aplicația, instalați-o și rulați-o.
SCREENSHOTS
Ad
Hierahical_DNAcoder
DESCRIERE
Stocarea și transferul de date a datelor mari ale genomului devin preocupări importante pentru cercetătorii biomedicali. Prezentăm o nouă metodă de compresie a genomului bazată pe mai multe referințe, cu o structură ierarhică. Abordarea noastră funcționează pentru formatul de aliniere standard de facto (adică, BAM), care este nevoia presantă în prezent. Aliniem secvențe noi la o secvență de referință folosind SOAP3, un software de aliniere bazat pe GPU și rezumăm proprietățile și informațiile de cartografiere pentru citirile mapate exacte. Pentru a crește rata exactă de aliniere, realiniem, de asemenea, citirile aproximativ mapate și nemapate, schimbând secvența de referință sau scurtând lungimea de citire. Între timp, continuăm studiul utilizând valori de calitate „cu pierderi” prin schema de grupare k-means și găsim efectul său minim asupra aplicațiilor din aval. Metoda propusă a obținut rapoarte de compresie de la 0.5 la 0.65, ceea ce corespunde unei economii de spațiu de 35%-50%, pe seturile de date experimentale.
DESCRIERE
- Eficient
- Rapid
- promițător
Public
Tehnologia Informației, Știință/Cercetare, Inginerie
Limbaj de programare
C ++
Categorii
Aceasta este o aplicație care poate fi preluată și de la https://sourceforge.net/projects/hierachicaldnac/. A fost găzduit în OnWorks pentru a fi rulat online într-un mod cât mai ușor de pe unul dintre sistemele noastre operative gratuite.
